Три прототипа — V7, V10 и V14 — после доработок участвовали в авиасалоне в Цюрихе. На демонстрационные самолеты установили новые капоты без желобков для пулеметов. Остальные прототипы активно использовались в программе развития Me 109. Одним из таких экспериментальных самолетов стал Me 109V16, вооруженный четырьмя пулеметами и оснащенный двигателем Jumo 210D. Первоначально самолет предполагали использовать для создания палубного истребителя для авианосца «Graf Zeppelin», позднее планы были изменены.
Серийный выпуск Me 109B начался в феврале фирмой BFW в Аугсбурге (деревянные винты), а в начале января выпуск самолетов освоила фирма Fieseler из Касселя. До конца марта Fieseler выпустил 28 истребителей (W.Nr.3000–3028), из которых десять последних в марте 1937 года. В январе также начался выпуск Me 109 на фирме Erla в Лейпциге, где в феврале предполагалось собрать серию из 11 машин, оснащенных цельнометаллическим винтом. Данных, касающихся самолетов, собранных в Аугсбурге, найти не удалось. Известно лишь, что наибольший серийный номер среди самолетов, переданных в боевые части был W.Nr. 1046. Можно предположить, что выпуск серии продолжался до мая-июня 1937 года и не превысил 50 машин. Если это так, то самолетов с цельнометаллическими винтами было собрано 345 штук, а всего машин серии Me 109B в 1937 году произвели 395 экземпляров.
Выпуск «Берт» шел непросто. Правда, двигатели имелись в избытке (до конца 1936 года заводы фирмы Junkers Motoren в Дессау и Магдебурге выпустили 681 мотор Jumo 210), но главные трудности вызывала организация серийного производства. Кроме того, подводили поставщики. В качестве примера можно привести фирму Hans Windhoff AG, которая появилась в начале 1936 года на волне растущих государственных военных заказов. Фирма смогла выбить для себя контракт на поставку лицензионных радиаторов, разработанных фирмой Fieseler, однако не имела никакого опыта производства таких изделий. Восемь радиаторов TZ 3 фирма должна была доставить уже в ноябре 1936 года, но первые были готовы лишь в январе 1937 года. В дальнейшем поставки постоянно срывались. Это заставило RLM 30 января 1937 года разместить дополнительный заказ на фирме Sueddeutsche Kuehlerfabrik в Штутгарте с просьбой выпустить первые 20 радиаторов TZ 3 уже в феврале, поскольку заводы Erla и Fieseler простаивали.
Новый Me 109В-2, оснащенный винтом с изменяемым шагом. Вентиляционные отверстия для пулеметов отсутствуют. Машина окрашена по стандартной схеме: сверху черно-зеленый (RLM 70) и темно-зеленый (RLM 71), а светло-голубой (RLM 65) снизу. Первоначально в люфтваффе много внимания уделяли маскировке самолетов на земле, чем и объясняется темный камуфляж, подходящий для европейских лесов.