Особое внимание уделялось сохранению жизни действующей агентуры. На период проведения казацких операций ей указывались безопасные места для укрытия, чтобы она не попала в зону боевых действий. Результаты ее работы щедро вознаграждались из казацкой казны. Агенты, утратившие свое имущество в ходе боевых действий, получали компенсационные выплаты.
Для ведения разведки агентурными методами создавались агентурные группы во главе с наиболее опытным разведчиком-агентурщиком. Ему выделялась в подчинение молодежь: маршрутники, связники, агенты-наблюдатели. Группа за 1–2 недели выходила в район предстоящего казацкого рейда с задачей сбора всех необходимых сведений наблюдением, осведомлением и подслушиванием. Ей назначалось время и место встречи с представителем командования. После передачи необходимых данных, как правило, подразделение выделяло из своего состава двух проводников для основных сил казаков, вело разведку запланированных путей их отхода с захваченной добычей.
Основателем стратегической агентурной разведки Запорожской Сечи по праву считается ополяченный украинец Иван Выговский, начинавший службу личным писарем гетмана Богдана Хмельницкого. Именно польские корни будущего гетмана Войска Запорожского стали решающим фактором подписания им в 1658 г. Гадячского договора, согласно которому часть украинских земель вошли в состав Речи Посполитой в качестве третьего суверена на равных условиях с Польской короной и Великим княжеством Литовским. Выговский является и первым казацким послом в Трансильванию: во время осады Львова войсками Хмельницкого в 1648 г. он был направлен гетманом для переговоров к трансильванскому князю Дьердю Ракоци. Со временем посланник стал генеральным писарем. За короткое время Выговский создал мощную и высокоэффективную канцелярию. Это учреждение было по сути министерством иностранных дел, внутренних дел, Генеральным штабом с органом стратегической агентурной разведки. Сюда поступала военно-политическая информация о положении на исконно украинских землях, собственно в Польше, в прилегающих к ней государствах. Здесь принимались и отсюда отправлялись многочисленные посольства.
Например, в начале 1649 г. для сбора разведывательной информации по указанию Выговского полковник Максим Нестеренко послал в Польшу из Переяслава несколько десятков разведчиков-агентов. Чуть позже непосредственное руководство такими операциями переходит к генеральному писарю.
Наиболее ценными агентами Выговский руководил лично. Одним из них являлся татарский толмач (переводчик) великого визиря Сефер Кази-аги. Агент во время сепаратных польско-крымских переговоров под Каменец-Подольским в декабре 1653 г. передал генеральному писарю их содержание. Агентами Выговского были серб Николай Маркевич (в конце 1653 г. отправлен для работы в Турцию), грек Теодозий Томкевич — львовский купец и мещанин (в 1658 г. посредник на переговорах между казаками с одной стороны и правительствами Речи Посполитой и Швеции — с другой). Агентурные источники, работающие на запорожцев, имелись, кроме того, в Литве, Чехии, Моравии, Силезии, Австрии и других странах. Казацкая агентурная сеть была настолько развитой, что польские вельможи — современники Петра Дорошенко не раз жаловались на утечку в Запорожье информации о замыслах короля.