Профессиональный атомщик и новый директор ЦРУ, Джон Маккоун был единственным в окружении Кеннеди, кто в преддверии Карибского кризиса вопреки всем данным собственной разведки, ничего подозрительного не обнаруживавшей, твердил, что на Кубе должно находиться советское наступательное вооружение.
«Если его там до сих пор нет сегодня, то оно появится там завтра. Понимаете, это очень удобно, — объяснял свою мысль Маккоун. — Советская военная база под боком у нас. Это сразу же изменило бы геополитический баланс сил в пользу русских». — «Вы верите, что подобный прыжок через океан возможен? Под нашим-то пристальным контролем?» — возражали Джону Маккоуну высшие чины в Пентагоне. Директор ЦРУ пожимал плечами: «Не знаю, как они это сделают, но это фантастически выигрышная для Союза позиция!» — «Думаете, Хрущев способен на подобный риск?» — «Эта игра стоит свеч!»
Еще 23 августа 1962 года Джон Маккоун направил президенту США меморандум, в котором изложил гипотезу: на Кубу возможна перевозка советского оружия морским путем, и, возможно, именно сейчас советские суда, которые туда идут, груженные якобы сельскохозяйственной техникой, на самом деле везут туда оружие. «Но чтобы обслуживать серьезное оружие наступательного характера, нужны люди, — заметил Кеннеди, ознакомившись с меморандумом директора разведки. — Кубинцы с подобной техникой незнакомы. Значит, русским потребуется тайно перевозить на Кубу целые армейские части и подразделения! Но где они спрячут огромное количество солдат? Да и переход через Атлантику — неблизкий!»
В ответ на президентский скепсис Маккоун поставил военно-практический эксперимент. Несколько подразделений американских солдат поместили в трюмы различных судов и покатали в тропических водах. На третьи сутки такого «круиза» у военных начались массовые приступы всевозможных заболеваний — от головокружений и теплового удара до лихорадки и расстройств желудка. «Значит, моя гипотеза на практике неосуществима», — устало подумал Маккоун, и его агрессивный настрой по отношению к Острову свободы поубавился. Но ненадолго. Червь сомнения продолжал грызть аналитический мозг Джона Маккоуна. 7 сентября 1962 года, еще не имея на руках таких объективных данных, как, скажем, аэрофотосъемка, директор ЦРУ, находясь во Франции, направил в штаб-квартиру ЦРУ в США шифротелеграмму, последняя фраза которой звучала так: «Возможно, на Кубе уже находится советское оружие, возможно, ракеты малой дальности» (см. С. Микоян, Анатомия Карибского кризиса, М., 2006, фотодокумент на стр. 172).