Через несколько дней японские саперы подвели минную галерею под капонир и взорвали две мины. В результате в полу капонира образовалась пробоина диаметром более метра. Захватив капонир, японцы закрепились в непосредственной близости от форта.
Спустя неделю русские саперы обнаружили, что японцы ведут минную галерею в направлении контрэскарпной стенки. Тогда они начали прокладку второй контрминной галереи.
23 октября русские взорвали контрмину, разрушив часть японской галереи. Однако и в этом случае повторилась та же история: обнажилась часть бетонной стенки контрэскарпной галереи. Это вновь помогло японцам уточнить направление своих минных действий.
К 30 октября они довели свою мину до тыловой части стенки контрэскарпной галереи. В середине дня они взорвали в ней заряд динамита и получили доступ в подземные сооружения форта.
Ночью 31 октября японцы смогли проникнуть в ров форта и забросать ручными бомбами через амбразуры казематы №№ 3 и 4. Отчаянными контратаками и огнем малокалиберных пушек русским удалось приостановить продвижение японцев по сооружениям форта. Тогда японцы стали прокладывать минную галерею вдоль основания наружной стены форта с явным намерением взорвать ее.
Русские саперы повели контрминную галерею и 17 ноября взорвали контрмину. Вновь неудача! Взрыв разрушил часть углового каземата. Японцы сквозь пролом немедленно ворвались внутрь бетонной галереи напольного вала. В руках защитников форта осталась только галерея правого фланка форта. Большая часть форта была потеряна. В последующие дни японцы последовательно взрывали из галереи сооружения форта и выдавливали обороняющихся за его пределы.
15 декабря в результате попадания японского 275-мм снаряда в группу офицеров на форту II в момент награждения отличившихся защитников форта погибли генерал Кондратенко и инженер-подполковник Рашевский. Это событие окончательно подорвало у русских веру в возможность успешной контрминной борьбы. 18 декабря после того, как японцы взорвали очередную подземную мину и разрушили еще часть сооружений форта, генерал Фок приказал оставить форт.
При обороне форта № III русские успешно использовали морские гальваноударные мины, скатывая их по желобам на атакующих японцев. В ответ осаждающие повели минные галереи под форт № III и 28 декабря взорвали заряд массой 6100 кг. Взорвали не вполне удачно: камни и земля, поднятые взрывом накрыли японский штурмовой отряд, приготовившийся воспользоваться результатом взрыва. Однако сооружения форта были сильно разрушены. Удержать его уже не представлялось возможным, и русская пехота оставила форт № III.