Помимо грузинского языка Марр хорошо овладел армянским и греческим языками, а также кавказскими наречиями. Он окончил Петербургский университет сразу по четырем разрядам восточных языков, то есть изучил несколько семитских, тюркских, индоевропейских языков. В конечном счете он оперировал не менее чем сорока, а некоторые утверждали даже, что шестьюдесятью – семьюдесятью живыми и мертвыми языками {59} . Еще до революции, помимо находки упоминавшегося древнего манускрипта, сделал открытия, имевшие сами по себе мировое значение. На территории Армении возглавлял археологические раскопки в районе озера Ван древних городов Гарни, Варнак и в столице средневековой Армении, в городе Ани. Изучал памятники Урарту и Ассирии, первым расшифровал знаменитую Ванкскую клинописную наскальную надпись, найденную его учеником, будущим академиком Орбели. За совокупность работ по Ани (раскопки велись четырнадцать сезонов) Марру присудили Большую золотую медаль имени графа Уварова, очень престижную награду Русского археологического общества. Марр постоянно выезжал в лингвистические и этнографические экспедиции в различные части России, Европы, Азии, Африки. Из Палестины привез древнейшие грузинские и армянские христианские рукописи. В частности, обнаружил на Синае, впервые опубликовал и монографически изучил арабскую христианскую рукопись о крещении армян, грузин, аланов и абхазов святым Григорием Просветителем {60} . К несомненным заслугам Марра относятся работы о средневековом армянском историке и просветителе Моисее Хоренском. По инициативе Марра была основана серия публикаций «Христианский Восток». Во многом благодаря его дореволюционным работам для российского и европейского научного мира открылся христианский Кавказ, много столетий пребывавший за гранью истории европейского Запада. Каждая его экспедиция и научная работа, написанная на основании собранного лингвистического и археологического материалов, становилась сенсацией и превращалась в предмет ожесточенных споров, иногда насмешек. Бывало, его открытия и концепции вызывали озлобление и обвинения.
В России почти каждый крупный исследователь испытывает на себе особо завистливое озлобление «оппонентов». Несмотря на то что Марр был далек от политических и националистических течений, его с разных сторон оскорбляли и пытались запугивать задолго до революции, а шельмовать за научные взгляды начали за несколько десятилетий до дискуссии 1950 года.
Между живущими по соседству грузинами и армянами, между частью грузинской и армянской интеллигенции ведется многовековое соперничество, часто перерастающее во вражду. Как коренной житель Грузии и Кавказа, Марр хорошо знал об этом. Еще в начале научной карьеры он столкнулся с грузино-армянским противостоянием, которое сопровождало его всю жизнь. После окончания университета, уже тогда будучи признанным знатоком грузинского языка и литературы, он не получил поддержки со стороны руководителя кафедры грузинской словесности Санкт-Петербургского университета. Не мысля себя вне кавказской тематики, он переориентировался на кафедру армянской словесности. В течение двух лет в совершенстве изучил армянский язык и его древние наречия, за что в 1902 году получил степень доктора наук {61} .(По некоторым сведениям, армянский язык он знал с детства.)