Любопытные события произошли в период интенсивного изучения Марром истории армянского и грузинского языков и памятников древности. Какими-то неведомыми путями Марр оказался на должности цензора армянских изданий в Главном цензурном управлении Российской империи {62} . Даже став маститым ученым и профессором Санкт-Петербургского университета, Марр соглашался временами, но втайне выполнять оплачиваемые обязанности цензора [6] . Среди большей части прогрессивной российской интеллигенции той поры работа цензора была презираема и приравнивалась к деятельности сексота. Вскоре после того, как Марра выдвинули заведовать кафедрой армянской словесности Санкт-Петербургского университета, часть преподавателей-армян выступила против его кандидатуры, как грузина по национальности. По их настоянию предлагалось провести «расследование» о национальных корнях Марра и знании им армянистики. Только вмешательство его учителя профессора В.Р. Розена спасло положение. К чести Марра надо отметить, что он был далек от любых проявлений национализма и шовинизма {63} . Вопреки всему, Марр получил редкую возможность работать в самом сердце древней армянской письменности и христианства в Эчмиадзине и в других известных древлехранилищах Армении. Знания Марра как армяниста получали все большее признание, а сам он стал пользоваться личным доверием со стороны российской и армянской правящей, духовной и научной верхушки. Когда в 1909 году царь Николай II дал аудиенцию главе Армянской церкви католикосу Матеосу II, именно Марр был назначен при них переводчиком {64} . Дореволюционная связь Марра с кавказским христианским духовенством очевидна. Становятся понятнее и его настойчивые попытки связать свои лингвистические, текстологические и этнографические исследования с библейской историей и ее терминологией. Но не меньшим доверием и не меньшей неприязнью наделяли Марра различные группировки грузинских деятелей.
Одним из первых поставил вопрос о необходимости совместного изучения армянской и грузинской языковой культуры известный швейцарский филолог и лингвист М.Ф. Броссе. Марр подхватил эту мысль и стал практически изучать грузинский и армянские миры в их единстве и во взаимообогащении. Постепенно этот подход он распространил на весь Кавказ, а затем и на всю человеческую цивилизацию. Сам предмет его исследования – языки, духовная и материальная культура разных племен и народов мира – стихийно формировали Марра как интернационалиста и космополита, влюбленного в родной Кавказ и Россию. И такая жизненная и научная установка получала поддержку не только со стороны большинства российских коллег-академиков Императорской академии, в среде которых было много людей смешанных национальностей, но и со стороны пришедших к власти под лозунгами интернационализма большевиков досталинского призыва.