В результате изучения истории языков и литератур Грузии и Армении Марр основал новое научное направление «армяно-грузинскую филологию». Нет возможности рассматривать более или менее обстоятельно все то, что сделал Марр в этом направлении. Ни до него, ни после него ни один исследователь не смог внести в межэтнические проблемы Кавказа столько труда и страсти. За все это Марр еще при жизни получил и до сих пор получает признание многих ученых, как армянских, так и грузинских. Но как при жизни, так и в посмертии шовинисты разных оттенков постоянно преследовали Марра, подвергая сомнению его концепции. В значительной степени именно это послужило скрытным толчком и для начала партийно-государственной лингвистической дискуссии 1950 года. При этом она была отягощена и целым рядом других политико-идеологических обстоятельств.
В своем архиве Марр сохранил печатные материалы разных лет, в которых его обвиняли в предательстве национальных интересов, в подкупе «противной» стороной, в злостном сокрытии или искажении исторических фактов и источников. Особенно сильные атаки начались с 1909 года, после того как Марр провел серию успешных археологических и этнографических исследований, стал членом Академии наук и вполне сформулировал первый вариант своей яфетической теории, согласно которой древнеармянский и древнегрузинский языки имели семитические корни. Как считал Марр, армянский язык восходит к языкам семитских народов Урарту, грузинский к семитическим языкам Передней Азии. Затем они «разошлись», и армянский язык с приходом арийских племен получил наслоение (произошло «скрещение») индоевропейских языковых элементов, а грузинский продолжал развиваться путем синтеза картвельских и близких к нему наречий в русле семитических языков. Тем не менее оба народа всегда жили в теснейшем, взаимопроникающем единстве, которое станет очевидным. «После того как понятие наше о национальном характере грузин, в связи с первоначальным родством их с армянами, получит научное определение, – писал Марр в одном из своих конспектов, – и вместе с тем самобытность тех или иных явлений грузинской умственной и иной жизни не будет лишь пустой парадной фразой, ласкающей известное настроение» {65} . Марр утверждал, что и грузинская письменность ведет свое происхождение от древнеармянской, что первый перевод Библии на грузинский язык был сделан с армянской, что долгое время Армянская и Грузинская церкви были едины. Современная лингвистика отрицает многое из того, на чем настаивал Марр в рамках своей яфетической теории, но археология и история культуры многое подтверждают.