Для обороны на самолете имелись три огневые точки. Спереди в лобовом обтекателе стоял спаренный пулемет ШКАС с боекомплектом 1920 патронов. В кабине стрелка-радиста имелись две огневые точки: верхняя и нижняя. В каждой находился одинарный ШКАС. В верхней огневой точке боекомплект 1000 выстрелов, в нижней — 500. Характерной особенностью самолета СБ-2 было то, что в походном состоянии оба пулемета убирались внутрь. В случае боевой тревоги стрелок-радист сдвигал крышку фонаря своей кабины и выдвигал пулемет в боевое положение. Закончив стрельбу, стрелок-радист разворачивал пулемет стволом к хвосту и закрывал крышку фонаря. Пулемет стоял на кольцевой установке, его наведение осуществлялось за счет физической силы стрелка. Аналогичное устройство имела и нижняя огневая точка.
Горизонтальное хвостовое оперение состояло из стабилизатора и рулей высоты. Оперение крепилось к лонжеронам фюзеляжа в четырех точках. Угол атаки стабилизатора можно было менять на земле. Руль высоты состоял из двух сегментов, крепился к стабилизатору в пяти точках и оснащался триммером. Киль состоял из стабилизатора и руля направления, подвешенный на трех петлях. Каркас руля направления состоял из профилированного лонжерона. Руль оснащался триммером.
Главное шасси убиралось в полете. Стойка шасси заканчивалась вилкой, к которой крепилось колесо. Стойка крепилась к переднему лонжерону центроплана. Стойка имела встроенный гидропневматический амортизатор. Колеса оснащались пневматическими тормозами. Главное шасси в полете частично убиралось в задний отсек мотогондолы. Стойка имела два боковых раскоса из хромо-молибденовой стали. За стойкой находился гидроусилитель, отвечавший за уборку и выпуск шасси, а также механизм аварийного выпуска шасси. Хвостовое колесо не убиралось и было оснащено гидропневматическим амортизатором. Выпуск и уборку шасси, а также работу закрылков обеспечивала электрогидравлическая система. При ее отказе шасси можно было выпустить с помощью аварийного механического привода, работающего от маховика, установленного в кабине стрелка-радиста. Такая аварийная система выпуска шасси впервые появилась в СССР именно на планере АНТ-40.
Рулевое управление находилось только в кабине пилота. Рули высоты и направления двигались с помощью толкателей, а элероны и закрылки управлялись толкателями и тягами.
Двигательная система состояла из двух 12-цилиндровых двигателей жидкостного охлаждения М-100 (выпускавшийся в СССР мотор «Испано-Сюиза 12 Ybrs»). Двигатели оснащались редуктором с передаточным числом 2:3. У земли двигатели развивали 660 л.с., а номинальную мощность 750 л.с. показывали на высоте 4000 м. Каждый мотор вращал двухлопастный металлический винт М-100 диаметром 3,4 м, сконструированный и выпускавшийся заводом № 28 в Москве.