В 1988 г. вступил в московское общество русской культуры «Отечество». В мае 1989 г. Руцкой был избран заместителем председателя правления этого общества.
Весной 1990 г. был избран народным депутатом РСФСР по Курскому национально-территориальному избирательному округу № 52.
Весной 1990 г. на I съезде народных депутатов РСФСР был избран членом Верховного Совета РСФСР и членом Президиума ВС — председателем Комитета ВС по делам инвалидов, ветеранов войны и труда, социальной защиты военнослужащих и членов их семей.
Летом 1990 г. стал делегатом Учредительного съезда Компартии РСФСР. Был избран членом ЦК партии. В июле 1990 г. был избран делегатом XXVIII съезда КПСС.
31 марта 1991 г. во время съезда народных депутатов РСФСР объявил о создании депутатской группы (фракции) «Коммунисты за демократию».
12 июня 1991 г. был избран вице-президентом Российской Федерации. В связи с этим сложил с себя депутатские полномочия и обязанности члена ВС РСФСР.
2-3 июля 1991 г. провел учредительную конференцию Демократической партии коммунистов России (ДПКР) в составе КПСС и сложил с себя полномочия члена ЦК КП РСФСР.
19-21 августа 1991 г. во время попытки государственного переворота был одним из организаторов обороны Белого дома.
В октябре 1991 г. на I съезде ДПКР партия была переименована в Народную партию «Свободная Россия» (НПСР). Руцкой был избран председателем НПСР.
Указом президента РФ Бориса Ельцина от 26 февраля 1992 г. Александру Руцкому было поручено руководство сельским хозяйством страны.
В октябре 1992 г. Руцкой возглавил созданную указом президента Межведомственную комиссию Совета безопасности РФ по борьбе с преступностью и коррупцией.
1 сентября 1993 г. указом президента РФ Ельцина вице-президент Руцкой был «временно отстранен от исполнения обязанностей».
21 сентября 1993 г. — после указа Бориса Ельцина «О поэтапной конституционной реформе в РФ», предусматривавшего досрочное прекращение полномочий Верховного Совета, Руцкой объявил о принятии на себя исполнения обязанностей президента РФ.
В ночь на 22 сентября принес президентскую присягу перед Верховным Советом. Руководил оборонительными мероприятиями в Белом доме. После штурма был арестован.
26 февраля 1994 г. Руцкой был освобожден из-под стражи в связи с постановлением об амнистии, принятом Государственной думой 23 февраля 1994 г.
В апреле 1994 г. образовал социал-патриотическое движение «Держава».
25 декабря 1995 г. Центризбирком зарегистрировал инициативную группу по выдвижению Руцкого на пост президента.
10 апреля 1996 г. Александр Руцкой сообщил, что снял свою кандидатуру для регистрации в ЦИК, и призвал своих сторонников голосовать на президентских выборах за Геннадия Зюганова.