Национально-освободительная борьба соотечественников-критян против турецкого гнета послужила основой для создания превосходного романа «Капитан Михалис». В своем романе Казандзакис воспроизводит события на Крите в конце XIX столетия. Критяне не могут и не хотят больше жить под иноземным игом. Турецкие власти используют все — от запугивания и угроз до применения силы, — чтобы удержаться на Крите. Большая часть турок, особенно те, которые непосредственно общаются с греками, настаивают на более гибком обращении с местным населением, но турецкая верхушка подавляет малейшие проявления национального самосознания критян. Вражду между турками и греками усугубляет различие религиозных вероисповеданий. Турки поджигают дома христиан, те отвечают тем же. Решение этого «спора» переносится на поле битвы. Главари греческих сел на Крите собираются на совещание. Они знают, что молодое греческое государство не в состоянии помочь им, а великие европейские державы не пожелают испортить отношения с султаном. Но тем не менее они решают бороться, опираясь только на свои собственные силы. Турецкое правительство перебрасывает войска на мятежный остров, — теперь перевес турок становится очевидным. Архимандрит обращается к главарям партизанских отрядов с просьбой сложить оружие. Все подчиняются. Только капитан Михалис со своим отрядом продолжает героически сопротивляться и в конечном счете гибнет в неравной борьбе.
Трагический финал романа является одновременно и оптимистическим началом. С одной стороны, это объективное отражение реальной расстановки сил в ту эпоху и непреклонная вера критского народа в свое освобождение. С другой — такой финал помогает Казандзакису подтвердить одно из своих любимых положений: «В этом мире существует тайный закон. Этот закон жесток и не терпит нарушений: вначале зло всегда торжествует, но в конце концов всегда оказывается побежденным. Необходима долгая борьба, много пота и крови для того, чтобы человек завоевал свои права. Свобода — это самая большая драгоценность…»
Одним из лучших романов Казандзакиса по праву считается его роман «Христа распинают вновь». Роман был переведен на многие европейские языки, а в 1958 году — на украинский язык.
Образ Христа интересовал Казандзакиса всю жизнь. Но традиционный библейский Христос превращается у него в неутомимого борца за счастье народа, защитника и покровителя всех обиженных и угнетенных. Таков Христос в одноименной трагедии (1928). Дальнейшее развитие этот образ получает в романе «Христа распинают вновь», написанном в 1948 году.