Все это дало себя знать в начале Великой Отечественной войны. Уже на седьмой день фашистской агрессии – 29 июня 1941 года – была принята директива СНК и ЦК ВКП(б) партийным и советским организациям прифронтовых областей, в которой содержались указания о развертывании подполья и партизанского движения.
В сентябре 1941 года Главным управлением формирования и комплектования войск Красной Армии (начальник – армейский комиссар 1 ранга Е.А. Щаденко) было создано Управление по формированию и руководству партизанскими отрядами во главе с генерал-лейтенантом В.И. Репиным.
Проведенная организационная работа дала о себе знать очень быстро. Уже 16 сентября 1941 года начальник штаба Верховного Главнокомандования Вермахта В. Кейтель в приказе по войскам отмечал, что на оккупированной Германией территории повсеместно вспыхнуло коммунистическое партизанское движение, «которое во всевозрастающей степени представляет угрозу немецкому руководству войной». Так, к концу 1941 года на оккупированной территории Ленинградской области действовало 287 партизанских отрядов и 125 подпольных организаций и групп, насчитывавших в общей сложности 18 тыс. человек. В период наступления немцев на Москву в их тылу действовало 273 партизанских отряда и 468 партизанских групп, в составе которых насчитывалось более 26 тыс. человек. Командующий группой армий «Центр» сообщал, что из-за разрушений на железных дорогах, совершаемых партизанами, группа армий «Центр» вместо 70 эшелонов, составлявших суточную потребность, получала только 23. {10}
В конце декабря 1941 года И.В. Сталин вызвал к себе первого секретаря ЦК Компартии Белоруссии П.К. Пономаренко и предложил немедленно приступить к организации Центрального штаба партизанского движения при Ставке Верховного Главнокомандования и лично возглавить этот штаб. Пономаренко с большим энтузиазмом включился в эту работу, а в январе 1942 года было открыто несколько школ по подготовке партизанских кадров. Все это позволило развернуть в тылу врага новые партизанские отряды, более качественно руководить их деятельностью, используя ее в интересах фронтов и армий.
По данным германского командования, с ноября 1942-го по март 1943 года советские партизаны совершили более 2,5 тыс. диверсий на железных дорогах, выведя из строя около 750 паровозов, до 4 тыс. вагонов, более 100 км железнодорожных путей. В период развернувшегося сражения на Курской дуге партизаны подорвали 1200 вражеских эшелонов и повредили 1145 паровозов. Во время Белорусской операции партизаны в тылу врага развернули настоящую рельсовую войну, которая фактически сковала тылы противника и воспретила маневр силами и средствами за линией фронта.