Итак, древняя пифагорейская школа прекратила существование в IV веке до н. э., но пифагорейские мистерии, напротив, получают значительное распространение. Именно мистический пифагореизм стал той средой, из которой вышли под именем Пифагора мистические сочинения, распространившиеся во II веке до н. э. Такой пифагореизм, как форма религиозного культа, сохранялся также и в эллинистическое время. Что же касается пифагорейской философии, то для этого времени нет оснований говорить о существовании научной школы или живой философской традиции. Псевдопифагорейские сочинения эллинистического времени были эклектическим сочетанием платоновско-аристотелевской философии и эллинистической науки. Таким образом, эллинистический период, к которому относятся многие пифагорейские сочинения, был связующим звеном между древними пифагорейцам и неопифагореизмом, возродившимся в I веке до н. э.
Пифагорейская литература эллинистического времени включает две группы сочинений: сочинения, приписываемые Пифагору или связанные с Пифагором, и сочинения, приписываемые другим пифагорейцам. Сочинения второй группы, датируемые III веком до н. э., происходят из Южной Италии, где центром пифагорейских занятий был Тарент, а сочинения первой группы восточного происхождения – из Александрии, Афин и других мест, и они появились после 200 года до н. э. Характерным представителем восточного пифагореизма был Аполлоний Тианский, олицетворявший пифагорейский идеал мудреца. В это время формируется представление о пифагорейском образе жизни, которое затем нашло отражение в биографиях Пифагора у Диогена Лаэртского, Порфирия и Ямвлиха, и этот образ Пифагора стал примером для Аполлония Тианского в первой половине I века н. э. Среди источников неопифагореизма преобладали академические сочинения, влияние перипатетиков и стоиков было менее значительным. Соединяя разнородные элементы, неопифагореизм содержал множество противоречий. По сравнению с платонизмом времени империи, представлявшим изложение философских взглядов, неопифагореизм преследовал религиозные цели. Псевдопифагорейские сочинения эллинистического времени были написаны с целью распространения учения определенной школы и представляли своего рода учебники философии. Большая их часть – это сознательные фальсификации, их авторы использовали чужие имена исходя из представления, что сам Пифагор не записывал свое учение и что, следовательно, это учение излагали его ученики. В целом эти сочинения относятся к до-философскому уровню: они носят дидактический характер, не претендуют на доказательство своих положений и обращаются в большей степени к вере, чем к разуму. Восточное направление неопифагореизма, первоначально независимое от западного, постепенно сближается с ним. Свидетельством их взаимного проникновения являются сочинения Ямвлиха.