В конце 1926 года Агабекова назначили резидентом ИНО ОГПУ в Тегеране. Там он добился больших успехов в приобретении шифров и перехвате корреспонденции аккредитованных в Иране иностранных представительств. Кроме того, он организовал возращение из Афганистана и Персии беженцев, вербовал в качестве агентов русских эмигрантов, подкупал вождей белуджских и курдских племен с целью вооруженного выступления против Англии.
В апреле 1928 года Агабеков возвратился в Москву. Его назначили на пост начальника сектора по Ближнему и Среднему Востоку Иностранного отдела ОГПУ. Такое назначение свидетельствовало о доверии к нему не только со стороны ОГПУ, но и высшего руководства страны. А затем в октябре 1929 года его направили нелегальным резидентом в Турцию на место расстрелянного Блюмкина. 27 октября 1929 года на пароходе «Чичерин» он прибыл в Стамбул с документами на имя армянского коммерсанта Нерсеса Овсепяна.
Но в конце 1929 года, будучи резидентом ИНО в Турции, он принимает решение не возвращаться в СССР. В конце января 1930 года Агабеков обратился к английским властям в Стамбуле с просьбой предоставить ему политическое убежище, назвав при этом свое настоящее имя и должность и пообещав предоставить всю известную ему информацию о советской разведке. Но англичане не торопились, и в июне 1930 года Агабеков на пароходе отправился во Францию, где открыто порвал с советской разведкой и сделал соответствующие заявления в эмигрантской и французской прессе.[4]
«До настоящего времени работал честно и преданно для Советской России, — писал он сразу после бегства в одной из эмигрантских газет Парижа. — В последние два года я стал замечать, что революционный энтузиазм в СССР стал переходить среди коммунистических низов в подхалимство и бюрократизм, вырождаясь в заботу о сохранении своих мест и боязнь лишиться куска хлеба. Среди коммунистических верхов вопрос о революции свелся к борьбе за портфели.
В то время как эта привилегированная группа варится в собственном соку и, бросая революционные фразы о свободе и пр., на самом деле душит всякое проявление свободы — в это время рабочий класс приносит колоссальные материальные и моральные жертвы для осуществления преступно-фантастической пятилетки и физически истребляется, а крестьянство загоняется в колхозы и разоряется дотла, ибо, фактически разрушая индивидуальное хозяйство, сталинское правительство не дает взамен ничего. Результаты этого — перманентный голод в такой аграрной стране как Россия. В области внешней политики — лживые революционные призывы к рабочим Запада. Одновременно с провозглашением лозунга «освобождение угнетенного Востока» сталинское правительство ведет империалистическую политику в Китае, Персии, Афганистане и на всем Ближнем Востоке, что я докажу фактами в своей готовящейся к печати книге.