Его история получила неожиданное продолжение в апреле 1995 года, когда машина, которую он вел, была остановлена патрулем ГАИ. При досмотре салона был обнаружен пистолет, у которого, согласно показаниям Орехова, был поврежден боек. По факту незаконного хранения оружия против Орехова было возбуждено уголовное дело. Состоявшийся 21 июля 1995 года суд приговорил Орехова к трем годам лишения свободы с отбыванием наказания в лагере строгого режима. Он был арестован в зале суда и отправлен в Краснопресненскую пересыльную тюрьму.
В то же время адвокат Орехова утверждает, что пистолет, прежде чем попасть на экспертизу, неоднократно извлекался из опечатанного пакета, и в результате был заменен на боевой. В связи с этим адвокат был намерен добиваться пересмотра дела Орехова.
Встал на защиту Орехова и Демократический союз России. Выступивший по поводу ареста Орехова Центральный координационный совет Союза связал произошедшее с тем, что бывший следователь КГБ Трофимов, который в 1978 году вел дело Орехова, сменил на посту начальника столичного ФСБ Савостьянова и возобновил традицию «повторников», которых сталинский режим в 1947–1948 годах отправлял в лагеря только за то, что они отбывали срок в конце тридцатых годов.
Двадцать третьего октября 1995 года кассационный суд рассмотрел дело Орехова и оставил приговор в силе. Но, учитывая «заслуги подсудимого» перед Родиной, снизил срок заключения с трех лет до одного года.
Через восемь месяцев он был помилован и выпущен на свободу. Но за эти восемь месяцев его фирма развалилась, жить стало не на что и негде. Не удалось ему получить и реабилитацию по делу 1979 года. В своем прошении о пересмотре дела Орехов отмечал, что, будучи рядовым оперативным работником, он не попадает под действие ст. 206 УК. Но ему не выдали даже копию приговора. Сославшись на то, что он по-прежнему секретен, Орехову прислали из Военной коллегии Верховного суда лишь выписку, из которой следует, что он осужден за злоупотребление служебным положением и разглашение сведений, составляющих государственную тайну. Председательствующий судебного состава Военной коллегии Верховного суда РФ Л. Захаров в своем письме Орехову от 24 февраля 1997 года написал следующее:
«Вы являлись военнослужащим, имели воинское звание «капитан» и за те систематические злоупотребления служебным положением… Вы обоснованно осуждены по уголовной статье закона… Доверенные Вам по службе сведения, по выводам экспертов, являются совершенно секретными и составляют государственную тайну».
Отчаявшись снять две судимости и получить приличную работу, Орехов весной 1997 года решил уехать в США и осуществил свое решение летом того же года..