После ареста Баранова началось долгое и скрупулезное следствие, в ходе которого он всячески старался приуменьшить нанесенный им ущерб. Так, он усиленно убеждал следователей, что все сведения, переданные им ЦРУ, являются «секретами Полишинеля», поскольку давно известны американцам от других перебежчиков, в том числе от Д. Полякова, В. Резуна, Г. Сметанина и других. Однако следователи с ним не согласились. По словам начальника пресс-службы ФСБ А. Михайлова, в ходе следствия было установлено, что «Баранов раскрыл разведывательную сеть родного ГРУ на территории других стран», «выдал довольно много людей, в основном связанных с ГРУ, а также агентов», «серьезно подорвал работу своего ведомства». Из-за предательства Баранова были «законсервированы» многие агенты и свернута работа с доверенными лицами, находившимися в разработке, с которыми он поддерживал контакты. Кроме того, была ограничена оперативная работа известных ему офицеров ГРУ, «расшифрованных» с его помощью американцами.
В декабре 1993 года Баранов предстал перед Военной коллегий суда Российской Федерации. Как было установлено судом, часть сведений, переданных Барановым ЦРУ, ранее уже была ему (ЦРУ) известна, а главное, что было особо подчеркнуто в приговоре, действия Баранова не повлекли за собой провала известных ему лиц. Учитывая эти обстоятельства, суд под председательством генерал-майора юстиции В. Яськина 19 декабря 1993 года вынес Баранову крайне мягкий приговор, назначив наказание ниже допустимого предела: шесть лет колонии строгого режима с конфискацией изъятой у него валюты и половины принадлежащего ему имущества. Кроме того, полковник Баранов не был лишен своего воинского звания. Определенный ему судом срок Баранов отбывал в лагере «Пермь-35».
Несмотря на провозглашенную в стране перестройку, случаи предательства со стороны сотрудников советских спецслужб продолжали иметь место. Так, в начале 1990 года вошел в контакт с ЦРУ сотрудник ПГУ КГБ Игорь Черпинский.
Черпинский был командирован в Бельгию в 1989 году в брюссельскую резидентуру КГБ под прикрытием третьего секретаря посольства. Он приехал в Бельгию вместе с женой и тяжело больным сыном, родившимся в «чернобыльском», 1986 году. Больной сын был постоянно кровоточащей раной для Черпинского, а побывав в начале 1990 года в СССР в отпуске, он воочию столкнулся с новыми реалиями советской действительности.
Используя его подавленное состояние, сотрудники ЦРУ сделали ему вербовочное предложение, обещав вылечить сына в Америке, и он не устоял. Для закрепления позиций Черпинского в резидентуре ему было подведено несколько контактов, но он отказался быть «кротом» и потребовал вывезти его вместе с семьей в США.