«Иногда мне везло и я находил неудачников, которые и в самом деле совершили какие-нибудь проступки, что рано или поздно привело бы к их увольнению из системы. Однако в основном мне приходилось учитывать слишком тесные связи с Западом».
В сентябре 1940 года Ахмедова направили в берлинскую резидентуру Разведупра, где он снова работал под видом представителя ТАСС Г.С. Николаева. Здесь у него не сложились отношения с резидентом ИНО НКВД в Берлине А.З. Кобуловым. Однажды Кобулов даже устроил ему публичный разнос. Причиной разноса, по утверждению Ахмедова, было желание Кобулова «увидеть, сделаю ли я какую-нибудь ошибку, которая может быть использована против меня позднее». Что же касается оперативной деятельности Ахмедова в это время, то о ней можно судить по телеграмме посла СССР в Германии В.Г. Деканозова от 21 июня 1941 года:
«Представитель НКВД И. Ахмедов получил донесение нашего агента о том, что якобы завтра, в воскресенье 22 июня, Германия нападет на СССР. Я сказал ему и его начальнику А. Кобулову, чтобы они не обращали внимания на подобные «утки», и посоветовал нашим работникам выехать завтра на пикник».
После начала Великой Отечественной войны Ахмедов вместе с остальными официальными советскими представителями в Германии был интернирован и возвратился в СССР только в конце июля 1941 года. В Москве он некоторое время работал в центральном аппарате Разведупра, а потом был командирован в Турцию под видом пресс-атташе советского посольства в Анкаре Николаева.
Третьего мая 1942 года Ахмедов неожиданно для всех добровольно явился в турецкую полицию и заявил, что официально просит политического убежища. Объясняя сотрудникам турецкого инспектората безопасности причины своего решения, он сказал, что возмущен начавшимися в Советском Союзе репрессиями против крымских татар, которые коснулись и его лично, так как недавно был арестован его отец. Но, надо думать, это заявление Ахмедова не имело ничего общего с истинными причинами, толкнувшими его на предательство. Скорее всего, он посчитал, что поражение СССР в войне неизбежно и решил спасти таким образом свою шкуру.
Пытаясь заслужить признательность и доверие турок, Ахмедов рассказал им все, что знал о работе резидентур ГРУ и ИНО НКВД в Анкаре и Стамбуле, выдал двух нелегалов, с которыми работал в Турции. Кроме того, он дал подробные показания о так называемом «деле Папена» — о неудавшемся покушении на немецкого посла в Турции, бывшего рейхсканцлера Германии Франца фон Папена. Оно имело место 24 февраля 1942 года в 10 часов утра на главной улице Анкары — бульваре Ататюрка.