В период с 1943 г. до самого конца войны центральный аппарат контрразведки вместе с соответствующими подразделениями на фронтах провел 186 радиоигр, заманив на советскую территорию более 400 штатных сотрудников немецких разведывательных служб и нацистских агентов, перехватив не 1 десяток тонн грузов. В 1941 г. в сфере своей ответственности (прифронтовой зоне) Смерш обезвредил примерно 45 % всех пойманных вражеских агентов. В 1943 г. их количество уже достигло 55 % ив последние годы войны находилось на уровне 88 %.
На одну лишь Курскую битву пришлось свыше 1500 обнаруженных контрразведкой германских агентов и диверсантов. В полосе Центрального фронта были раскрыты 15 разведывательно-диверсионных групп, включая ту, которой поручалось устранить командующего фронтом генерала К. Рокоссовского. В ходе Днепровской операции сотрудники Смерш нейтрализовали свыше 200 немецких агентов и 21 разведывательно-диверсионную группу. В 1944 г. контрразведчики предупредили подготовку покушения на Главнокомандующего СССР. При проведении Советской армией Висло-Одерской операции были обезврежены 68 засланных групп противника, а в ходе Кенигсбергской операции — 21.
Деятельность Смерш была хорошо скоординирована и осуществлялась в виде специальных операций. Можно упомянуть операцию «Березино», в которой участвовали несколько тысяч человек, или операцию «Монастырь» по дезинформации врага.
Когда 3-я ударная армия 1-го Белорусского фронта вошла в Берлин, сотрудники Смерш проводили зачистку Рейхстага и Рейхсканцелярии; свой вклад они внесли и в поимку высокопоставленных нацистских лидеров, а также в опознание трупов Гитлера и Геббельса. Правда, за такую эффективную работу приходилось дорого платить. Служба в этой организации была очень опасной. Оперативник в среднем через 3 месяца выбывал из строя либо по смерти, либо, если повезет, — по ранению. В кампании по освобождению Белоруссии погибли 236 и пропали без вести 136 смершевцев. Не одна тысяча контрразведчиков сложила головы на полях сражений. Среди смершевцев немало награжденных. Первым, кто был удостоен звания Героя Советского Союза, к сожалению, посмертно, стал старший лейтенант П. Жидков. Во время неожиданного нападения превосходящих сил противника он личным примером вдохновил солдат на контратаку.
Рассказывая о героической составляющей работы контрразведчиков, нельзя не упомянуть о другой ее стороне. Например, Сталин считал советских немцев возможными предателями, в результате чего в 1941–1942 гг. в восточные регионы СССР переселили 367 000 советских немцев, а в следующем году — 187 000. Ключевую роль здесь играли смершевцы, которым поручалось выявлять советских немцев в рядах вооруженных сил и посылать их валить лес в Сибирь или на Урал. Кроме того, контрразведчики участвовали в депортациях: крымских татар — 1 83 000 человек, греков, болгар, армян — 37 000, чеченцев и ингушей — около 500 000, калмыков — 93 000, карачаевцев — 69 000, балкарцев — 33 000. Эхо тех событий звучит в России по сей день в виде националистических движений, неспокойной обстановки в некоторых регионах и затаенной людской обиды.