В октябре 1941 г. по подозрению в причастности к коммунистической партии был задержан японской разведкой один из подчиненных О. Усибы.
На допросах арестованный упомянул о художнике Мияги, у которого провели обыск и обнаружили немало компрометирующих материалов.
Вскоре арестовали журналиста X. Одзаки. После чего задержали других участников группы: Клаузена, Вукелича и 17 октября 1941 г. — Рихарда Зорге.
Германское посольство переполошилось. Отто, сообразив, что дружба с иностранным разведчиком бросает на него тень, пытался всячески замять историю и убеждал начальство на родине, будто Рихард стал невинной жертвой японской полиции. И ему это почти удалась, хотя остальные члены группы прямо указывали на Зорге. Гитлер лично требовал, чтобы японцы выдали этнического немца. Все еще могло бы закончиться мирно, не вмешайся резидент абвера на Дальнем Востоке И. Лисснер. Благодаря ему Рихарда уверенно заклеймили агентом Москвы. Отто ничего не оставалось делать, как уйти в отставку и забыть о карьере дипломата. Японцы хотели обменять Зорге на своих разоблаченных резидентов в СССР, однако Сталин отказал.
В мае 1943 г. участников группы Зорге судили: Мияги к этому моменту был мертв (умер от пыток), Вукелич, приговоренный к пожизненному заключению, погиб спустя полтора года. Клаузен также получил пожизненное, но будет освобожден американцами в 1945 г. Основных членов резидентуры, Одзаки и Зорге, приговорили к смертной казни, которую привели в исполнение 7 ноября 1944 г. в токийской тюрьме Сугамо. Перед смертью Рихард произнес: «Да здравствует Красная армия! Да здравствует Советский Союз!» Советский разведчик упокоился во дворе тюрьмы, но в 1967 г. его останки перезахоронили на кладбище Тама в Токио.
Пока был жив Сталин, о Зорге в СССР не знали, поскольку он считался «врагом народа». Его реабилитировали лишь при Н. С. Хрущеве, который присвоил разведчику звание Героя Советского Союза посмертно. Генсеку понравился фильм о разведчике, снятый французским режиссером Ивом Чампи. Некоторые считают, что восстановление доброго имени героя началось благодаря Юрию Гагарину, увидевшему фильм во время одной из своих заграничных поездок. Другие ставят это в заслугу министру культуры Е. Фурцевой, посмотревшей киноленту на закрытом показе и рассказавшей об этом Никите Сергеевичу. Во многих населенных пунктах России имеются улицы, названные в честь Зорге. В Берлине есть улица Richard-Sorge-Strafie.
Кое-кто называет Р. Зорге духовным отцом Перл-Харбора и в общем-то имеет право, потому что разведчик точно определил время нападения Японии на США и первую цель — Перл-Харбор. Сообщение об этом ушло в Москву, а оттуда — в Вашингтон, однако американцы проигнорировали предупреждение. В августе 1951 г. в Конгрессе США была подробно изучена деятельность советского разведчика по втягиванию Японии в войну с США на Тихом океане.