В конце войны резидент оказался в опасной близости от провала. В 1945 г. советский вице-консул в Стамбуле К. Волков ходатайствовал в английском консульстве о предоставлении ему с супругой политического убежища, обещая раскрыть имена советских агентов, работающих в СИС. Узнав об этом, советское руководство сразу же отозвало вице-консула домой.
По окончании войны Филби едет в Стамбул в качестве резидента СИС. В период с 1949 по 1951 г. он обеспечивает координацию действий англичан с ЦРУ и ФБР, узнавая таким образом о намерениях основного противника СССР.
Поскольку работа Филби находилась под грифом «особо секретно», то говорить о ней довольно сложно. Сам он высказался в своей книге так: «Не мне, советскому разведчику, снабжать противника информацией или рассеивать его мучительные сомнения, поэтому я умышленно почти не упоминаю о моей работе с советскими товарищами… Это обидно, потому что описание моей работы в советской разведке было бы, наверное, самой интересной частью моей истории. Но до тех пор, пока идет тайная война с непримиримым противником, основные принципы нашей деятельности сохраняют свою первостепенную важность. Первый из этих принципов, грубо говоря: держи язык за зубами!»
Кое-что все-таки просочилось. В частности, известное «албанское дело», когда американцы и англичане в конце 1940-х гг. планировали внедрить агентов в Албанию, чтобы поднять мятеж. Советский разведчик уведомил Центр, и сразу по прибытии агентов на место их схватили и расстреляли.
Когда в 1951 г. в Великобритании раскрыли коллег Кима по «Кембриджской пятерке», то он успел предупредить Г. Бержеса и Д. Маклейна об этом и спасти их от ареста. Но тучи неумолимо сгущались. Компрометирующие связи привели к тому, что в 1952 г. его отозвали в Лондон и допросили с пристрастием. Но не добились признания, и за недостатком улик Ким был отпущен.
Хотя ему и удалось публично восстановить свое доброе имя, в 1955 г. он все-таки подает в отставку. Правда, уже в следующем году по заданию английской разведки он журналистом едет в ливанский Бейрут. В течение 7 лет он продолжает собирать ценную информацию о деятельности и планах Великобритании и США в этом регионе и передавать ее в Москву.
В 1963 г. угроза раскрытия его стала реальной и Филби нелегально вывезли в столицу СССР. Здесь он работал консультантом по спецслужбам Запада и в одном из институтов встретился с Р. Пуховой, ставшей впоследствии его супругой, с которой счастливо жил до самой смерти. 11 мая 1988 г. Филби не стало. Похоронили выдающегося разведчика на Новокунцевском кладбище Москвы.