29 октября 1940 года он подписал постановление секретариата ЦК об изъятии «идеологически вредных, религиозно-мистических стихов Ахматовой» и строгом наказании всех виновных в ее выходе:
Книгу Ахматовой раскупили мгновенно после ее выхода в мае 1940 г., изъять тираж уже было неоткуда. Однако директор издательства «Советский писатель» и его ленинградского отделения вместе с цензором получили строгие партийные выговоры. Все эти подробности стали нам известны только недавно (Герштейн 1998: 322).
О Сталинской премии речи больше не было. Опала Ахматовой продолжалась.
Отношения Толстого с Ахматовой в это время, по всей вероятности, улучшились. Э. Герштейн вспоминала: «А с А. Н. Толстым у Ахматовой были впоследствии вполне корректные отношения. В 40-м году он сказал Анне Андреевне, что никакая война не принесла таких грандиозных потерь русскому народу, как ежовщина. Анна Андреевна мне тогда же об этом сказала» (Герштейн 1991: 44). Это предполагало некоторую степень обоюдного доверия.
Непосредственно Толстого с Ахматовой столкнула эвакуация в Ташкент в ноябре 1941 года. Ахматову вывезли из осажденного Ленинграда в конце сентября 1941 года в Москву, в октябре она поехала к Лидии Корнеевне Чуковской в Чистополь, а в ноябре 1941 года обе они оказались в Ташкенте. Толстой переехал в Ташкент из Куйбышева в конце ноября 1941 года.
С началом Отечественной войны Толстой вообще стал действовать решительнее. В Ташкенте у него возникли большие возможности влияния. 17 декабря 1941 года Н. А. Ломакин, секретарь ЦК КП(б) Узбекистана, в секретном донесении сообщал:
3 дня тому назад в ЦК КП(б)Уз пришел Алексей Толстой и от имени всех московских писателей, находящихся в Ташкенте, поставил вопрос о необходимости «полной реорганизации и обновления руководства Союза Советских писателей СССР», имея в виду получить у нас поддержку в такой постановке вопроса. Алексей Толстой заявил, что Фадеев и его помощники растерялись, потеряли всякую связь с писателями, судьбой их не интересуются <…> Он, в частности, высказал свое возмущение тем, что т. Фадеев, под пьяную руку, выдает безответственные мандаты отдельным писателям на право «руководить» различными отраслями писательской работы в Узбекистане. Такие мандаты, по заявлению Толстого, были выданы Фадеевым тт. <В.Я.> Кирпотину, <П.Г.> Скосыреву, <С.Я.> Маршаку и <А.> Ниалло. <…> Явно неправильное поведение московских писателей нашло свое яркое выражение в проекте их письма в ЦК ВКП(б) на имя товарища <А.А.> Андреева и товарища <А.С.> Щербакова. В этом письме, написанном Алексеем Толстым, Николаем Вирта и Иосифом Уткиным, делаются прямые намеки на необходимость отстранения Фадеева от руководства Союза писателей и ставится вопрос о создании нового «полномочного органа Союза Советских писателей с тем, чтобы он находился в одном из крупных центров СССР». В этом письме утверждается, что «организация (Союз писателей) по сути дела распалась и не представляет из себя целостной политической группы» (Бабиченко 1994: 71–72; цит. в: Перхин 2000: 182).