По мнению И.А. Кузовкина, Н.С. Хрущев запомнил это Сталину и затеял впоследствии кампанию по разоблачению культа личности в отместку за сына. Автор статьи говорит, что многое в судьбе сына Н.С. Хрущева неясно, тем более что из личного дела Леонида при неизвестных обстоятельствах исчезла часть документов. Это, конечно, наводит на размышления.
Другую версию излагает в одном из своих интервью Е.Я. Джугашвили, сын Якова и Ольги Голышевой. Он ссылается на сведения, полученные им от В.М. Молотова и Главного маршала авиации А.Е. Голованова, в войну командующего авиацией дальнего действия:
"У Хрущева от первого брака был сын Леонид. Одним из его развлечений была стрельба по бутылке, стоящей на голове человека. Кстати, этим увлекались и некоторые немецкие офицеры. Только подопытным материалом у них были военнопленные. В одном из таких упражнений Леонид вместо бутылки попал в голову своему товарищу и убил его.
Об этом стало известно Сталину. Хрущев, как член Военного Совета одного из фронтов, первый секретарь ЦК КП(б) Украины, начал спасать сына от наказания. На встрече с Хрущевым Сталин спросил его: "Вы ходатайствуете о своем сыне как член Политбюро или как отец?" — "Как отец", — ответил Хрущев. Тогда Сталин задал ему вопрос: "А вы думали о том отце, сына которого убил ваш сын? Что он скажет?"".
Война диктовала законы военного времени, и они были законом для всех. Леонид из офицеров был разжалован в рядовые и направлен в штрафной батальон. Вскоре попал в плен. Немцы, узнав, что среди пленных сын члена Политбюро, стали использовать его для агитации в прифронтовой полосе, выступая по радио, он агитировал советских солдат и офицеров сдаваться в плен.
Дело приняло политический характер. Сталин дал указание начальнику Центрального штаба партизанского движения П.К. Пономаренко выкрасть сына Хрущева у немцев. Когда Сталину доложили, что Леонид доставлен в расположение одного из партизанских отрядов, и попросили самолет для доставки его в Москву, то Сталин ответил: "Не надо рисковать еще одним офицером, судите Леонида Хрущева на месте". Сын Хрущева был расстрелян как изменник Родины.
Хрущев после смерти Сталина тщательно скрывал этот факт, и даже был пущен слух, что летчик Леонид Хрущев погиб смертью храбрых в бою с несколькими немецкими истребителями. У нас умеют распускать слухи.
Сам Хрущев, будучи членом Военного Совета юго-западного направления, то есть армий, сражающихся под Харьковом, в критический момент, когда немцы окружили наши войска, бросил фронт и бежал в Москву. Ему грозило попасть под суд военного трибунала. От наказания его спас Молотов.