Последний раз отец и сын виделись 22 июня 1941 года. "Иди и сражайся", — сказал Сталин на прощанье Якову. Уже на следующий день старшего лейтенанта Я. Джугашвили вместе с другими выпускниками академии направили на фронт, который оказался для него слишком коротким. 16 июля под Витебском он попадает в плен.
В своей книге "Воспоминания и размышления" Г.К. Жуков рассказывает, что в начале марта 1945 года он был на Ближней даче у Сталина.
"Во время прогулки И.В. Сталин неожиданно стал рассказывать мне о своем детстве.
Так за разговором прошло не менее часа. Потом сказал:
— Идемте пить чай, нам нужно кое о чем поговорить.
На обратном пути я спросил:
— Товарищ Сталин, давно хотел узнать о вашем сыне Якове. Нет ли сведений о его судьбе?
На этот вопрос он ответил не сразу. Пройдя добрую сотню шагов, он сказал каким-то приглушенным голосом:
— Не выбраться Якову из плена. Расстреляют его фашисты. По наведенным справкам, держат они его изолированно от других военнопленных и агитируют за измену Родине.
Помолчав минуту, твердо добавил:
— Нет, Яков предпочтет любую смерть измене Родине. Чувствовалось, он глубоко переживает за сына. Сидя за столом, И. В. Сталин долго молчал, не притрагиваясь к еде. Потом, как бы продолжая свои размышления, с горечью произнес:
— Какая тяжелая война! Сколько она унесла жизней наших людей. Видимо, у нас мало останется семей, у которых не погибли близкие".
Тогда Сталин еще не знал, что минуло уже два года, как его старшего сына нет в живых. Он узнал об этом вскоре после войны от В. Пика, приехавшего в Москву.
Теперь известно название этого лагеря, где его расстреляли, — Заксенхаузен. Известны и другие концлагеря, через которые пришлось пройти Якову. "Дело №Т-176" с немецкой педантичностью зафиксировало все, вплоть до имен убийц. В 1978 году в "Литературной Грузии" в № 4 в очерке "Узник Заксенхаузена" И. Андронов рассказал об истории гибели Я. Джугашвили.
В "Деле №Т-176" есть один любопытный документ — телеграмма исполняющего обязанности госсекретаря США Грю, направленная послу США в СССР Гарриману от 30 июня 1945 года.
"Сейчас в Германии объединенная группа экспертов государственного департамента и британского министерства иностранных дел изучает важные германские секретные документы о том, как был застрелен сын Сталина, пытавшейся якобы совершить побег из концлагеря. На сей счет обнаружено: письмо Гиммлера к Риббентропу в связи с данным происшествием, фотографии, несколько страниц документации. Британское министерство иностранных дел рекомендовало английскому и американскому правительствам передать оригиналы указанных документов Сталину, а для этого поручить английскому послу в СССР Кларку Керру информировать о найденных документах Молотова и попросить у Молотова совета, как наилучшим образом отдать документы Сталину. Кларк Керр мог бы заявить, что это совместная англо-американская находка, и презентовать ее от имени британского министерства и посольства США. Есть мнение, однако, что передачу документов следует произвести не от лица нашего посольства, а госдепартамента. Суждение посольства о способе вручения документов Сталину было бы желательно знать в госдепартаменте. Вы можете обратиться к Молотову, если сочтете это полезным. Действуйте сообща с Кларком Керром при наличии у него аналогичных инструкций. Грю".