Поняв, что Я. Джугашвили им не сломать, они охладели к дальнейшей психологической игре и перевели его в Заксенхаузен, где содержали в спецблоке под охраной эсэсовцев из дивизии "Мертвая голова".
В "Деле № Т-176" зафиксировано, что незадолго до своей гибели заключенный заявил: "Скоро германские захватчики будут переодеты в наши лохмотья и каждый из них, способный работать, поедет в Россию восстанавливать камень за камнем все то, что они разрушили".
Его убили выстрелом в голову 14 апреля 1943 года. Якобы при попытке к бегству — эта формула у гитлеровцев была хорошо отработана. Убил Якова эсэсовец-охранник Конрад Харфиш в присутствии начальника караула эсэсовца Карла Юнглинга.
Когда Иона Андронов готовил свой документальный очерк "Узник Заксенхаузена" к публикации, эти эсэсовские палачи преспокойно жили в ФРГ, и Харфиш на встрече с журналистами открыто заявил: "Это точно, что я в него выстрелил".
22 апреля 1943 года Гиммлер направил в МИД на имя Риббентропа под грифом "Совершенно секретно" рапорт СС и личную депешу: "Дорогой Риббентроп! Посылаю вам рапорт об обстоятельствах, при которых военнопленный Яков Джугашвили, сын Сталина, был застрелен при попытке к бегству из особого блока "А" в Заксенхаузене близ Ораниенбурга. Хайль Гитлер! Ваш Генрих Гиммлер".
Спустя тридцать четыре года Указом Президиума Верховного Совета СССР от 28 октября 1977 года Я.И. Джугашвили был посмертно награжден орденом Отечественной войны I степени, 1 февраля 1985 года орден был передан на хранение его дочери Галине Яковлевне.
Самоубийство Надежды дважды ударило по ее детям: оно рано лишило их матери и крайне ожесточило отца. Сильнее всего удар этот прошелся по Василию, которому в 1932 году было 12 лет. Это возраст сложный, ломкий, если еще учесть, что Василий с детства был "трудным ребенком". Такие дети особенно остро нуждаются в близком человеке, способном понять подростка и направить его неуемную энергию в нужное русло, не дать ему "разболтаться", обрести внутренний контроль за поступками, не допустить вседозволенности.
Но судьба распорядилась иначе, рос он почти беспризорным. Надежда, которую Василий сильно любил, обязана была ради сына пожертвовать даже своим "я". Но. Но она перепоручила воспитание сына, да и дочери тоже, совсем не близкому детям человеку — Муравьеву Александру Ивановичу, хотя, быть может, и очень хорошему. В конце концов такое отношение к детям обернулось против нее самой, она не обрела в них опору и радость. В "Двадцати письмах к другу" воспроизводится один диалог, услышанный Александрой Андреевной Бычковой (няней Светланы), который произошел между Надеждой и ее гимназической подругой незадолго до самоубийства. На вопрос подруги: "Неужели тебя ничего не радует в жизни?" — она ответила: "Ничего не радует. Все надоело! Все опостылело!" — "Ну а дети, дети?" — "Все, и дети". Услышав это, няня поняла, что Надежде действительно надоела жизнь.