Май 2009 г. Министр обороны США Роберт Гейтс назначил генерала Стэнли А. Маккристала командующим войсками США и НАТО в Афганистане. Маккристал сменил на этом посту генерала Дэвида Маккирнена. Одним из первых заявлений генерала Маккристала стало заявление о защите афганского населения и сокращении количества авиаударов с целью уменьшения количества жертв среди мирных афганцев.
Июль 2009 г. В провинции Гильменд началась операция «Ханжар», в которой участвовали около 4000 американских морских пехотинцев и солдат афганской армии. Морские пехотинцы вошли в долину реки Гильменд и устремились на юг через округа Гармсир и Рег-э-Хан Нешин.
Август 2009 г. 20 августа в Афганистане прошли президентские выборы. Около одного миллиона голосов, поданных за президента Хамида Карзая, и сто тысяч голосов, поданных за кандидата Абдуллу Абдуллу, были признаны недействительными из-за нарушений. Два месяца спустя Независимая избирательная комиссия объявила окончательные результаты выборов, в соответствии с которыми президент Карзай набрал 46,67 процента голосов, а Абдулла Абдулла – 30,59 процента. Поскольку ни один из кандидатов не набрал более 50 процентов голосов, потребовалось проведение второго тура выборов, который назначили на 7 ноября.
Октябрь 2009 г. 3 октября в восточном Афганистане произошло сражение за Камдеш. Несколько сотен талибов, часть из которых проникла из Пакистана, атаковали два объекта американской армии в округе Камдеш (провинция Нуристан) – опорный пункт Китинг и наблюдательный пункт Фритше. На помощь 82-й объединенной оперативной группе пришли американские спецназовцы и афганские коммандос. Атака была отбита. 17 октября армия Пакистана начала операцию «Рах-э-Нижат» против боевиков движения «Техрик-э-Талибан-Пакистан» в южном Вазиристане.
Ноябрь 2009 г. 1 ноября Абдулла Абдулла объявил, что не будет участвовать во втором туре выборов, потому что его требования по проведению честных выборов не удовлетворены и «прозрачные выборы невозможны». На следующий день Независимая избирательная комиссия отменила второй тур выборов и объявила Хамида Карзая президентом Афганистана на следующий пятилетний срок.
Декабрь 2009 г. Выступая с большой речью по проблемам внешней политики в военной академии в Вест-Пойнте, президент Барак Обама объявил об отправке в Афганистан дополнительно 30 000 военнослужащих. Он заявил также, что в июле 2011 г. начнет вывод американских войск из Афганистана, подчеркнув, что «Афганскому правительству и, что еще важнее, народу Афганистана будет ясно, что они сами будут ответственны за свою безопасность».