Еще более конкретно на эту тему Бэкон высказался в своем труде «Новая Атлантида», опубликованном в 1627 г., через год после его смерти. Сюжет сочинения Бэкона перекликается с «Утопией» Томаса Мора — неизвестный остров, населенный обществом, построенным на разумных началах, о котором поведал попавший на остров моряк с затонувшего корабля. Один из правителей острова ему сказал: «На нашем острове Бенсалем (так называется на языке островитян эта земля) все принадлежит нам. Этому помогает наша изолированность от остального мира и сохранение нашего существования в тайне, которую обязаны хранить наши путешественники и о чем мы предупреждаем своих редких гостей. Нам хорошо известна большая часть остального мира, а про нас не знает никто».
Бэкон предсказал появление «Невидимого колледжа» ученых масонов, которые основали Королевское общество и чье первое «ставшее известным» собрание состоялось в 1645 г., хотя по слухам этот «колледж» существовал задолго до этого. В рассказе о неизвестном острове фигурирует история о великом древнем короле, давшем острову мудрые законы: «Вы должны понять, мой дорогой друг, что среди прекрасных законов того короля один получил значение самого главного. Это было избрание и учреждение ордена или общества, названного Домом Соломона; самое высокое, как мы думаем, учреждение на всей планете и светильник нашего королевства. Оно посвящено изучению работы и творений Бога. Некоторые считают, что имя основателя Дома было искажено… но документы показывают, что его звали именно так. Мне кажется, так звали царя иудеев, который знаменит у вас и хорошо известен нам».
Далее говорится, что через каждые двенадцать лет (напоминание о двенадцати посланцах Соломона, отправленных на поиски Хирама-Абифа) два корабля посылаются в поисках новых знаний: «На каждом из кораблей будут по три брата или товарища из Соломонова дома, задача которых привезти нам вести о делах и событиях в странах, которые они посетят, и прежде всего обо всем новом в науках, искусствах, изделиях и открытиях во всем мире; они же должны доставить нам книги, приборы и образцы всяких новых вещей…»
И далее Бэкон делает типично масонское заключение: «Но, как вы могли заметить, эту торговлю мы ведем не ради золота, серебра или бриллиантов, не ради шелков или пряностей, не ради материальных приобретений; все ради первого творения Бога, коим есть Свет».
Между прочим Бэкон упоминает евреев, живущих на этом острове, которые свободны исповедовать свою религию и которые в ответ «признают за нашим Спасителем многие высокие достоинства». Это передается устами еврейского купца по имени Иоабин, имя которого Бэкон составил из имен Яхин и Боаз, как назывались колонны по сторонам входа в храм Соломона. Этими же именами названы особые масонские рукопожатия. Все это ясно свидетельствует о присутствии франкмасонства и тесной связи с такими личностями, как Дрейк, Хокинс, Рейли при дворе Елизаветы I, и о скрытом и явном отторжении попыток иезуитов и католических монархов Европы вернуть Англию в лоно Католической церкви.