Правление Бонифация VIII многих не устраивало, потому что простой народ не понимал, как избранный Божьей волей папа может быть отстранен от святого служения, и продолжали настоящим папой считать Целестина, а к Бонифацию относились как к узурпатору папской власти. К Целестину двинулся поток паломников за святым благословением. Этого Бонифаций VIII снести не мог. Он повелел схватить Целестина и бросить в крошечную камеру, где старик едва мог вытянуть ноги. Весной 1296 г. Целестин скончался.
С одной стороны, папа Бонифаций VIII был великим радетелем папской власти, с другой — не было среди пап большего честолюбца. Он утверждал, что его власть распространяется на любое королевство и любое владение всего мира и на любой живое существо. При этом у него были враги, с которыми он вел неустанную борьбу. Дом Колонна не только считал избрание Бонифация незаконным, но и требовал от Бонифация отречения, поскольку тот был избран папой, когда предшественник был еще жив. В ответ на все это Бонифаций решил раз и навсегда покончить с семейством Колонна.
Двух кардиналов Колонна он лишил привилегий, полагавшихся князьям Церкви. Далее Бонифаций проклял весь род Колонна, как умерших, так и живущих, и потребовал конфискации всех земель рода в пользу Церкви. Он объявил, что на примере отлучения двух кардиналов Колонна весь мир должен знать, как поступает Святой Престол со своими врагами. Представители Колонна в ответ продолжали твердить, что Бонифаций избран противозаконно, и свое заявление подкрепили перечнем преступлений и нарушений, лежащих на его совести. Ответным шагом Бонифация была конфискация всей собственности Колонна в пользу папской казны и запрет всем членам этой семьи вплоть до четвертого поколения посещать храмы. Свою тяжбу с родом Колонна папа объявил священной войной, и всем ее участникам на стороне папы было дано отпущение всех грехов, какое давалось участникам Крестовых походов. Сторонники Орсини горячо поддержали Бонифация в уничтожении своих старых врагов, к ним присоединились тысячи других соискателей папских милостей, не всегда имевших отношение к борьбе родов Орсини и Колонна. Очень скоро род Колонна сошел с общественной сцены — или, по крайней мере, так казалось.
Намерение Бонифация VIII утвердить власть Святого Престола над всеми странами Европы осуществлялось с переменным успехом. Сильное сопротивление он встретил в лице английского короля Эдуарда I, с которым ему несколько раз приходилось заключать частные соглашения. Но главным камнем преткновения папы в Европе был французский король Филипп IV. В 1296 г. Филипп ввел налог на собственность и доходы Церкви во Франции, чтобы вести непрестанную войну с Англией. Папа осудил введение этого налога как превышение полномочий светской власти, постановив, что без особого разрешения Рима никакая собственность и никакие доходы Церкви облагаться налогами не могут. Отнятые у Церкви средства он потребовал вернуть. На это Филипп ответил другим законом, запрещавшим без особого разрешения вывоз из Франции серебра и золота, что существенно сократило поток денежных поступлений в папскую казну. Новый закон больно ударил по финансам Рима, и в 1297 г. был достигнут компромисс, который полностью устраивал французского короля.