Когда «признания» подсудных тамплиеров были собраны и направлены Святому Престолу, Климент V 12 августа 1308 г., через десять месяцев после начала арестов в Париже, наконец получил возможность предать гласности перечень обвинений, вменявшихся ордену и его членам. Кроме того, папа назначил 15 заседаний Вселенского собора, которые должны были состояться в Вене через два года, для решения ряда общих вопросов, обсуждения плана нового Крестового похода и определения дальнейшей судьбы Ордена тамплиеров.
Протоколы суда над тамплиерами и материалы инквизиции, собранные по всему христианскому миру, из канцелярии папского престола были переданы Венскому собору, собравшемуся 16 октября 1311 г., когда измученные пытками тамплиеры провели в застенках уже четыре года. Жак Дюэз, кардинал-епископ Порто, которому было суждено сменить на троне Климента V под именем папы Иоанна XXII, выступил с собственным предложением о папских полномочиях в таких делах, посоветовав Клименту V не считаться с мнением собора, а осудить тамплиеров самостоятельно, своей властью. Но папа пожелал соблюсти законность и опереться на мнение всего собора. Он даже прислал формальное приглашение членам Ордена тамплиеров явиться на суд и выступить в свою защиту, очевидно предположив, что таких смельчаков не найдется. Когда же накануне открытия собора прибыли девять рыцарей-тамплиеров и заявили о желании выступить в защиту своего ордена, папа велел их срочно арестовать.
На самом соборе большинство участников высказались за то, чтобы тамплиерам была дана возможность самим изложить свое дело. Делегаты от Франции, понимая, что каждое их слово будет тут же доложено королю, высказались против. Участники собора проявили такую нерешительность, а сам папа с такой неохотой брался высказывать определенные суждения, что и пять месяцев спустя вопрос о судьбе Ордена тамплиеров еще продолжал висеть в воздухе. Окончательное решение могло склониться и к осуждению, и к оправданию ордена. Филипп, конечно, допустить этого никак не мог. В марте 1312 г. он отправил собору послание, в котором потребовал, чтобы Орден тамплиеров был ликвидирован, а все его права, привилегии и состояние были переданы новому военному ордену. Свое требование он подкрепил тем, что сам приехал в Вену 20 марта в сопровождении солидного военного эскорта.
В отличие от распространенного среди историков убеждения о полной покорности Климента V воле французского короля, дальнейшие недели собора показали, что папа мог настоять на своем. Его целью оставалось слияние тамплиеров и иоаннитов в один орден, и он не желал, чтобы распущенный орден был полностью заклеймен как еретический. Филипп добивался, чтобы руководил новым орденом он лично или его сын и чтобы все имущество существующих орденов находилось в его распоряжении. Но папа настоял на своем. 3 апрели 1312 г. он издал очередную буллу, которой упразднял Орден тамплиеров без упоминания выдвинутых против него обвинений. Орден был просто распущен, как распускают парламент, а не как организация, провинившаяся перед святой Церковью.