С поощрения правительства они становятся учителями и богословами, занимают архиерейские должности, повсюду вытесняя великороссов. Некоторые монастыри почти целиком наполнялись украинскими монахами, вопреки пословице приносившими с собой и свой устав, что заставляло русских иноков в знак протеста уходить прочь. К концу XVII века даже в таком важном монастыре, как московский Новодевичий, большинство монахинь были малороссиянками.
Негативные последствия такого наплыва состояли в том, что под его воздействием разрушались основы русской духовной традиции. Вновь пришедшие приносили с собой свою церковную культуру, свои обычаи. Русская Богослужебная практика, древняя история русской церкви была им неизвестна и чужда, многие из выходцев даже не владели русским языком. Тем более равнодушны они были к проблемам недавней церковной реформы.
Если русские епископы все же понимали корни раскола и некоторые про себя сочувствовали старообрядческой оппозиции, старались не слишком преследовать ее сторонников, то архиереи-малороссы не разбирались и не имели желания разбираться в церковной смуте чужой для себя страны. Они искренне смотрели на старообрядцев, как на государственных мятежников и еретиков, и были активными помощниками правительства не только в репрессиях и преследованиях староверов, но искореняли, где это было возможно, любые следы древлеправославной традиции, вводя на се месте устав и обычаи киевской церкви, проникнутой сильным иноверческим влиянием протестантизма, католичества и униатства. Под запретом или подозрением оказалось все, что относилось к русской православной культуре — старинные книги, обряды, одеяния священников. Более того, серьезные перемены были внесены и в церковное пение, и в иконопись. Агрессивно внедрялись заимствованные из западной практики особенности: партесное многоголосное церковное пение, а также новые способы иконописания, напоминавшие светскую живопись, противоречившие канонам и совершенно чуждые исконной православной традиции.
Петр был настоящим революционером и не останавливался на полумерах ни в чем. Взявшись однажды за дело государственного переворота, он последовательно осуществлял его во всех направлениях и сферах социальной, политической и духовной жизни. Преобразование церковной структуры было для него одним из первостепенных.
Раньше цари, рассматривая свою власть как данную Богом для защиты веры и заботы о душевном спасении православно верующих, стремились всячески возвысить национальную церковь, укрепить ее авторитет внутри страны и вовне. Для этого добились ее автокефалии и утверждения за русским митрополитом сана патриарха, что привело к усилению влияния церкви и укреплению религиозных настроений. Петра такое положение дел не устраивало по нескольким причинам. Русская церковь даже после реформ середины XVII века представляла для него опасность, поскольку и в измененном и значительно ослабленном виде была олицетворением старых общественных отношений и приоритетов, символизировала собой торжество теоцентрического мировоззрения.