В Анзерском скиту Никон ссорится с Елеазаром по поводу способов траты привезенных из Москвы средств. Честолюбие и тщеславие, склонность к внешнему блеску всегда удивительным образом уживались в нем с глубоким, по-видимому искренним, аскетизмом.
Никон настаивал на начале строительства обширного каменного храма, мечтая сделать скромный монастырь центром дикого края, а Елеазар считал это искушением, боялся известности, которая может помешать духовному сосредоточению, хотел оставить все как есть. Произошел конфликт, и обиженный Никон ушел из обители прочь.
Не боясь плохой погоды, он уговорил какого-то рыбака переправить его с острова, где располагался Анзерский скит, на материк. Они отправились в путь, несмотря на начинавшийся шторм. Эта поездка едва не стала последней для Никона — волны разбили лодку, и люди спаслись чудом. Дав обет построить на месте своего спасения обитель, впоследствии выполненный, Никон, в то время просто бесприютный монах, отправился подыскивать себе крышу над головой.
Странствия привели его в расположенный на берегу Белого моря небольшой Кожозерский монастырь. Здесь он прожил несколько лет бесконфликтно, занимаясь укрощением плоти. Он носил, не снимая ни днем ни ночью, тяжелые вериги, соответствующие его атлетическому сложению, ежедневно клал огромное число земных поклонов и налагал на себя множество других серьезных испытаний.
Он имел такой авторитет среди братии, что монахи выбрали Никона своим настоятелем. Вскоре, по делам своей новой обители, Никон опять приехал в Москву и уже не вернулся обратно к холодным берегам Белого моря. Новый царь, шестнадцатилетний Алексей, очарованный мужеством и властным обаянием, исходящим от Кожозерского игумена, оставил его при себе.
Почти сразу, в 1646 году, Никон делается архимандритом одного из самых значительных московских монастырей — Ново-Спасского, родовой обители Романовых. А спустя три года происходит совершенно невозможное и небывалое раньше — недавний монах безвестного беломорского скита получает сан Новгородского митрополита и возглавляет древнейшую, обширную и первостепенную по своему значению епархию.
Назначение Никона Новгородским митрополитом произошло благодаря желанию покровительствовавшего ему молодого царя. Но немалую роль в таком стремительном карьерном взлете имели и приобретенные им знакомства в Москве.
При дворе Никон, как новый государев «собинный друг», близко сходится с греческими иерархами, приезжавшими в русскую столицу за «милостыней». Московское правительство постоянно принимало у себя многочисленных выходцев с православного Востока — с Балкан, из Антиохии, Александрии, Палестины и проч. Материальная помощь нуждавшимся собратьям по православной вере была одной из плановых статей расхода государственного бюджета, и достаточно значительных. Каждый из заезжих митрополитов или патриархов получал нередко по несколько тысяч рублей