Старцы обители не приняли новых книг с самого начала церковной реформы. Они обращались к царю с челобитными, в которых доказывали спасительность и чистоту древлеправославного устава, и молили остановить Никона и его последователей. В Москве за проклятиями в адрес старого обряда, в трудах по осуждению Никона и хлопотах с обелением самозваных греческих патриархов поначалу недооценили значения этого протеста. Наконец, была получена уже не челобитная, а настоящий ультиматум, в котором за обычными верноподданническими фразами скрывалась непримиримая оппозиция церковной политике царя Алексея.
Все насельники монастыря, иноки и бельцы, общим решением постановили скорее умереть, чем принять еретические новины. Они писали царю: «…Не вели, государь, у нас тем новым учителем… истинную нашу православную християнскую веру, самим Господом нашим Исусом Христом и святыми его Апостолы преданную, и седми вселенскими соборы, и твоими государевыми прародители утверженную, изменити и порушить, чтобы нам Господа Бога и Спаса нашего Иcyca Христа, Царя царствующим и Господа господствующим не прогневить и во веки в безконечиое мучение осужденным не быть, и тою повою верою прародителей твоих государевых и святых отец не посрамить, а иноземцом и хулником нашея христианския православныя веры впредь дерзновения не подать… Аще ли твой, великаго государя… гнев на нас грешных излиетца, и православную нашу християнскую непорочную веру тем новые веры проповедником отнять у нас попустити изволит, и чюдотворцев наших и прочих святых отец предание изменить… лучше нам временною смертию умереть, нежели вечно погибнуть. Или аще, государь, огню и мукам нас те новые учители предадут, или на уды разескут: но убо изменить апостольскаго пореченнаго и отеческаго предания не будем во веки. Великий государь царь, смилуйся пожалуй!»
Стало ясно, что важный форпост, могущественный монастырь, бывший центром и хозяином почти всего русского севера, владелец бескрайних земельных владений, денежной казны, собственного флота, старцы которого обладали непререкаемым духовным авторитетом по всей стране, — объявляет войну церковной реформе, а вместе с тем и центральному правительству, фактически признавая его неправославным! Такого еще не случалось в отечественной истории.
Не решаясь действовать крутыми мерами, царь предпочел выгадать время. Весной 1668 года к Соловкам отправили воинский отряд во главе с воеводой Волоховым. Ему было приказано окружить монастырь, но активных действий не предпринимать. В начале лета, по некоторым данным 22 июня, царские солдаты начали осаду обители. Ужесточаясь год от года, она продолжалась около 8 лет.