Полностью изолировать восставшую обитель от связи с материком было невозможно. Монастырь пользовался сочувствием и помощью всего русского населения побережья Белого моря. Окрестные жители в обход воеводских застав, по воде доставляли на острова продовольствие, одежду, боевые припасы. Монастырь не испытывал никаких затруднений в обеспечении своих защитников всем необходимым, и даже с избытком.
Отряд царских солдат сам оказался в своего рода нравственной осаде — оскорбителей святой обители, почитаемой по всей Руси и во всем Поморье, не только не жаловали в деревнях, но каждый день можно было ожидать нападения на сторожевые посты и на воеводский штаб, расположившийся в Сумском остроге. Руководившие осадой военачальники не могли быть полностью уверены даже в собственных подчиненных, в первую очередь в стрельцах, порой отказывавшихся выполнять приказы, направленные против соловецких сидельцев.
За время осады сменилось трое воевод, каждый из которых получал из Москвы все более жесткие инструкции. Очень скоро вялое противостояние первого времени сменилось вооруженной борьбой. Осаждавшие стали стрелять по монастырю, жечь жилые и хозяйственные строения, расположенные вне стен, ловить иноков и бельцов, пытая и замучивая их до смерти. В ответ защитники обители также открыли по врагу огонь мощной монастырской артиллерии. Духовный глава восставших, архимандрит Никанор, кропил пушки святой водой перед боем с царским войском, как делали во время войны с иноверными завоевателями.
На Соловки приходили и соединялись с осажденными множество добровольцев, желавших оказать им вооруженную помощь. После разгрома восстания Степана Разина среди защитников монастыря появилось немало казаков и есаулов, сражавшихся прежде под знаменем донского атамана, а теперь продолживших борьбу с ненавистной властью в стенах северной твердыни, исполчившейся на защиту святорусской старины.
Вероучительные споры и догматические разногласия сменились открытой и непримиримой борьбой за веру, в которой разделительная граница пролегла между большинством русского общества, явно или тайно сочувствовавшего защитникам древлеправославия, и — царским правительством, поддержанным высшей церковной иерархией, большинством знати и служилого дворянства.
Ключевым этапом в этой борьбе стало соборное решение защитников древней обители прекратить моление за царя и его семью, а также за патриарха и прочих архиереев, принявших еретические новины. За молитвой упоминали теперь просто «благочестивых князей и православных епископов», в надежде, что где-нибудь да сохранились сторонники древлеправославного благочестия, имеющие на себе архиерейское преемство.