Осевшие в районе низовьев Нила гиксосы правили в Египте не менее 108 лет. В определенной степени пришельцы сохраняли связь с исходными областями своего обитания. По крайней мере в XVII веке резко возрастает число египетских по происхождению находок в Палестине, характер многих из них указывает не столько на торговые, сколько на государственные отношения между Палестиной и гиксосским Египтом. Кроме того, в городах и селениях Палестины в это время появляются богатые двухэтажные дома, нижние части стен которых сложены из камня, а верхние — из кирпича-сырца. Технология возведения их очень напоминает ту, которая применялась в то время в Египте.
Своей столицей гиксосы сделали Аварис на самом востоке египетской Дельты, однако, прочного объединения захваченных территорий им достичь не удалось. По существу, гиксосская держава так и не была создана. Характер поселений этих племен в Палестине и в Египте свидетельствует о «лоскутности» устройства государства гиксосов в XVIII–XVII веках до н. э. Даже мелкие населенные пункты обводились крепостными стенами и глинобитными валами, а крупнейшие города имели мощные системы укреплений с двойными стенами, с тройными башнями. Пандусы при подходах к воротам спланированы были так, чтобы держать осаждающих как можно дольше под обстрелом лучников при попытке штурма цитадели. И, несмотря на это, почти все раскопанные города гиксосов носят на себе следы разграбления и пожарищ. Возможно, наряду с Аварисом, центром гиксосского государства вскоре становится Газа (ныне городище Тел ль эль-Аджжуль близ современного города Газы), причем между ними не стихают междоусобные войны.
Естественно, прочного объединения Египта гиксосами при таких условиях произойти не могло. Владычество пришлых царей не простиралось выше среднего течения Нила, а в Фивах и в соседних областях Верхнего Египта продолжали царствовать египетские династии. Судя по бедности их памятников, пышностью двора они похвастаться не могли, но как будто независимости у них гиксосы отнять не сумели. Только двум иноземным царям, Хиану и Апопи (Апапи) удалось в какой-то мере подчинить своему влиянию Верхний Египет (близ Фив были найдены печатки и камни с их именами). Вероятнее всего контроль гиксосов над Фивами был кратковременным, и явилось это результатом особо сокрушительных военных поражений верхнеегипетских правителей. Однако вскоре, собравшись с силами, фиванские цари отвергли прямую опеку гиксосских фараонов.
Военные поражения египтян в столкновениях с воинственными пришельцами на первых порах выглядят достаточно закономерно. Чередование фараонов XIII и XIV династий на престоле ослабило египетскую армию, и при встрече с серьезным противником она устоять не смогла. Смутные времена не позволяли полноценно обучать войска, а вооружение вторгшихся в долину Нила скотоводческих племен было на порядок лучше, чем у защищающейся стороны. Именно гиксосы впервые ввели колесный транспорт (а в военном деле это прежде всего колесницы), они же показали пример широкого использования конницы в сражениях.