В 1842 г. французское правительство назначило его консулом в Мосуле. Здесь на холме Куюнджик, близ Мосула, Ботта начал археологические раскопки. Первый год не принес больших результатов. Кроме кирпичей, покрытых клинописью, да обломков каменных плит, найти ничего не удалось. Среди населения распространились слухи о том, что Ботта ищет клад. С удивлением наблюдали арабские крестьяне, как бережно обращается французский консул с глиняными черепками.
– Неужели этот хлам чего-нибудь стоит? – обратился к нему один крестьянин. — У нас в деревне таких черепков сколько угодно.
– А как называется эта деревня? – спросил Ботта.
– Хорсабад, – ответил араб.
От Мосула до Хорсабада всего 14 км. И Ботта решил перенести туда раскопки.
Уже через неделю ему улыбнулось счастье. Рабочие откопали богато украшенные массивные стены, многочисленные барельефы, огромные каменные изваяния чудовищ с человеческими головами и туловищами крылатых быков.
Открытие Ботта произвело ошеломляющее впечатление на европейский научный мир. Оказалось, что ассирийцы были не только жестокими завоевателями, но и искусными мастерами; они умели строить великолепные дворцы и храмы, создавать прекрасные статуи и барельефы. То, о чем раньше знали только из Библии и от античных историков, стало явью.
Рельефные украшения хорсабадского дворца были выполнены с большим мастерством. Поражали воображение скульптуры из известняка у входа во дворец древнего владыки. Гигантские статуи изображали крылатых чудовищ с туловищем быка или льва и головой бородатого мужчины.
Древние мастера высекали удивительные скульптуры из каменных монолитов. Некоторые исполины достигали высоты трехэтажного дома. Глаза гигантов из цветных камней смотрели на мир, словно фигуры были живыми существами, пробудившимися от тысячелетнего сна.
В течение 1843-1846 гг. Ботта раскопал грандиозный комплекс дворцовых зданий, дворов, церемониальных залов, коридоров, комнат, где когда-то располагался гарем, и остатки величественно и башни, напоминающей ступенчатую пирамиду. Позднее археологи установили, что здесь находился город, построенный ассирийским царем Саргоном II ((VIII в. до н. э.), – Дур-Шаррупии.
Ботта не был знаком с методом консервации памятников древности. Раскопки он вел примитивным способом, не обращая внимании на то, что ломы и лопаты рабочих зачастую уничтожали мелкие предметы, нередко представляющие большую ценность для науки. Алебастровые скульптуры, добытые из земли, рассыпались в прах под палящим солнцем. На помощь Ботта Париж прислал известного французского художника Эжена Фландена, который стал делать на картоне зарисовки гибнущих археологических находок. Благодаря этой совместной работе вышел в свет ценный пятитомный труд «Monuments de Ninivé, découverts et décrits par Botta» («Памятники Ниневии, открытые и описанные Ботта»).