Надо было подумать о том, кто возьмётся за изучение собственно археологических находок. Легко удалось договориться со специалистами-естественниками. Остатки дерева соглашался определить профессор Московского университета ботаник Н.Н. Кауфман. Химический анализ металлических предметов взял на себя ассистент Петровской сельскохозяйственной академии П.А. Григорьев, а кож и тканей – университетский же профессор М.Я. Киттары. Минералогическая характеристика бус и других камней поручалась профессору Петровской академии И.Б. Ауэрбаху.
Особое значение имел выбор того, кто должен был интерпретировать с позиций исторической науки как полевые наблюдения, так и собранные коллекции. В Москве жило немало серьёзных археологов, но, судя по некоторым намекам в публикациях Богданова, никто из них с ним дела иметь не захотел.
Пришлось обратиться к профессору университета И.Д. Беляеву. Немолодой уже к тому времени человек, он был автором монографии «Крестьяне на Руси», многотомных «Рассказов из русской истории» и нескольких десятков статей, посвященных отечественному средневековью. Авторитетом среди коллег он не пользовался. Крайне низко оценивали его работы ведущие московские историки С.М. Соловьев и И.Е. Забелин. К тому же археологией он никогда специально не занимался. Таким образом, самого важного консультанта своих раскопок под Москвой Богданов выбрал неудачно, что проявилось достаточно скоро.
Раскопки начались в 1864 году в Коломенском уезде, у сел Речка и Никульское. Вёл их врач из Коломны A.M. Анастасьев, а помогали ему только что кончивший университет А.П. Федченко (в будущем знаменитый исследователь Тянь-Шаня и Памиро-Алтая) и хранитель коллекций Общества любителей естествознания Н.Г. Керцелли.
Широко развернулись раскопки в 1865 и 1866 годах. Они охватили девять уездов Московской губернии из одиннадцати. Два могильника изучались на окраине самой Москвы – в Сетуни и Черкизове. Работы в Сетуни вёл сам Богданов при участии Федченко. Посмотреть на курганы приезжали Беляев и профессор-медик Н.Д. Никитин.
Богданов руководил раскопками и вдали от Москвы – у села Власьева в Можайском уезде; Обуховки, Петропавловского, Аниськина и Осеева – в Богородском (Богородск – нынешний Ногинск); посещал и другие места – Крымское в Верейском уезде; Ябедино в Звенигородском; Дубровичи, Добрятино, Заболотье и Покров в Подольском.
В книге Богданова названо двенадцать человек, непосредственно проводивших по его плану раскопки в разных пунктах. Среди них мы найдем еще одного биолога, получившего в дальнейшем известность благодаря исследованиям в Средней Азии. Это В.Ф. Ошанин. Вместе со своим другом Федченко он копал курганы у села Павловского в Звенигородском уезде; у сёл Головина, Авдотьина и Хальянова – в Бронницком. Имена прочих участников раскопок сегодня нам ничего не говорят. Вероятно, среди них находились студенты, недавние выпускники университета и местные деятели из земских учреждений. Но и у Федченко с Ошаниным не было опыта археологических изысканий, и вряд ли они отличались в этом отношении большим умением, чем все прочие.