А в 1481 г. великий князь, забыв свое обещание новгородцам, велел взять под стражу почти всех знатных людей города, многих пытали, и те оговорили еще большее количество горожан. В 1487 г. были депортированы первые 50 купеческих семей во Владимир, в следующем году уже более 8 тысяч бояр, именитых людей и купцов со своими семьями и слугами, что в общей сложности составляло около 100 тысяч человек. Они были разосланы во Владимир, Муром, Нижний Новгород, Юрьев Польский, Ростов, Кострому. На их место в Новгород были переселены московитяне – как служивые, так и торговые люди. В конце концов от свободолюбивого города ничего не осталось, великий князь присоединил к своему государству значительное количество новгородских земель, зато надолго потерял значительную дань новгородцев от их торговли с немцами.
Но еще до этих репрессивных мер против новгородцев в Московском государстве произошло событие, которое в российской историографии связывают с окончанием татаро-монгольского ига. По поводу причин, подвигнувших хана Большой Орды Ахмата к военным действиям против Великого княжества московского, в летописях существуют разные свидетельства, которые еще Н. М. Карамзин свел к двум версиям. По первой версии, великий князь Иван III в ответ на требование хана Ахмата дани от Москвы взял и сломал образ хана в присутствии ханских послов, а затем растоптал его. После этого ханские послы были убиты, кроме одного, отправленного к хану Ахмату рассказать об увиденном преступлении. Убийство послов – это всегда вызов противника к войне. По второй версии, нападение татар на Московское государство спровоцировал в очередной раз польский король Казимир IV, который хотел отвлечь великого князя Ивана III от мысли приобрести территории за счет Литвы, так как Польско-Литовское государство, воевавшее с Венгрией, опасалось войны на два фронта. Скорее всего, вторая версия более подлинная, а первая была придумана позднее для придания героического колорита действиям московской стороны. Так это или нет, но событие, известное как стояние на Угре в 1480 г., действительно имело решающее значение для судьбы Большой Орды, а также развязывало руки великому князю московскому в действиях против Литвы.
Однако действия самого великого князя в процессе этого противостояния с татарами явно не соответствовали результатам войны с ханом Ахматом. Даже обычно лояльная к московским правителям Типографская летопись приводит сведения, совсем их не красящие.
«Пришла весть к великому князю, что царь Ахмат идет в полном сборе, со своей ордой и царевичами, с уланами и князьями, да еще в соглашении с королем Казимиром – ибо король и направил его против великого князя, желая сокрушить христианство. Князь великий пошел на Коломну и стал у Коломны, а сына своего великого князя Ивана поставил у Серпухова, а князя Андрея Васильевича Меньшого в Тарусе, а прочих князей и воевод в иных местах, а других – по берегу.