Однако уже после 1492 г. Иосиф Волоцкий сетует, что православные повсеместно впадают в ересь и более склоняются к учению кремлевского протопопа Алексия и его свояка священника Максима: «Ныне же, – писал Санин, – и в домех, и на путех, и на торжъщих иноци и мирьстии и вси сомняться, вси о вере пытают, и не от пророков. но от еретиков. и от проклятых на соборе, от протопоповых и его зятя и от их учеников. и от самого того сатанина сосуда и дияволова митрополита, не выходят и спят у него» [64, 115].
Нападки Иосифа Волоцкого на митрополита все-таки привели к тому, что он вынужден был в 1494 г. отречься от сана, а затем его сослали в Троице-Сергиев монастырь. Именно митрополит Зосима сравнивал великого князя Ивана III с византийским императором Константином, сделавшим в IV в. христианство официальной религией своей империи, которого Бог прославил, а теперь «сродника его, иже в православии просиавшего, благоверного и христолюбивого великого князя Ивана Васильевича, государя и самодержца всея Руси, нового царя Констянтина новому граду Констятину – Москве.» [64, 114].
Какое-то время великий князь Иван III поддерживал нестяжателей, ему импонировало их предложение отобрать монастырские земли и отдать их в казну, более того, он подверг опале свою жену Софью и сына Василия, которые в своей борьбе за власть поддерживали иосифлян. В 1498 г. наследником престола и соправителем великого князя был венчан его внук Дмитрий Иванович. Но в 1500 г. у великого князя Ивана Васильевича случился удар, и на пять последних лет его жизни фактическим правителем страны стал сын Василий Иванович. А в 1502 г. по велению больного Ивана III были арестованы великий князь Дмитрий Иванович и его мать Елена Стефановна, затем он посадил на великое княжение сына Василия.
Добившаяся всего, что хотела, великая княгиня Софья Палеолог умерла весной 1503 г. В том же году в Москве начался церковный собор, на котором сторонники Нила Сорского попытались провести в жизнь идею секуляризации церковных и монастырских земель, но сумели отстоять только запрет на взимание платы за поставление священнослужителей на все церковные посты. Сторонников Иосифа Волоцкого поддержал и новый митрополит Симон.
На продолжении собора в 1504 г. сплотившиеся иосифляне предали анафеме еретиков, и хотя великий князь Иван Васильевич требовал от Иосифа Санина доказательств их вины, тот предложил начать дело с арестов, а «поимав двух-трех еретиков, а оне всех скажут» [64, 132]. Так оно и вышло: арестованные не выдержали пыток и оговорили других. После этого начались повсеместные казни еретиков, больной Иван Васильевич уже слабо контролировал ситуацию, а его преемнику Василию Ивановичу было выгодно избавиться от всех неугодных именем отца.