В ответ своим недоброжелателям владыка Геннадий сам вскрыл в среде священнослужителей ересь, которая получила название «ересь жидовствующих». Якобы ее приверженцы прельщали прихожан «жидовским десятисловием», т. е. десятью заповедями (не убий, не укради, не прелюбодействуй.) из Ветхого Завета, отрицая при этом некоторые принципы православного христианства.[16] Обвиняемые в ереси бежали в Москву, где собрался церковный собор для разбирательства с ними.
Историческое развитие новгородской церкви шло непрерывно от крещения Руси, ее церкви и духовенство не подвергались опустошению во время татаро-монгольского нашествия, соответственно не только священники, но и миряне были грамотными в Священном Писании. Московским иерархам было сложно полемизировать с ними по вопросам религии, поэтому, когда на соборе собрались вести богословские диспуты, новгородский архиепископ Геннадий посоветовал епископам: «Да еще люди у нас простые, не умеют по обычным книгам говорити: таки бы о вере никаких речей с ними не плодили; токмо того для учинити собор, что их казнити – жечи да вешати» [64, 110].
На соборе обвиняемые новгородцы утверждали, что они принадлежат к ортодоксадьной православной вере, в значительной крамоле их обвинить не удалось и только нескольких главных обвиняемых заточили в дальние монастыри, а часть отослали в Новгород к владыке Геннадию, где их подвергли пыткам, в результате кем-то из них было названо имя московского дьяка Федора Курицына, доверенного лица великого князя.
Летописец новгородский церквам божьим так излагает события 1491 г.: «Сей, убо, Генадий архиепископъ, в лето 6999, в Великомъ Новѣградѣ еретиковъ изыска и обличи; и повелѣниемъ великаго князя Иоанна Василиевича всея России и преосвященного митрополита Зосимы благословениемъ, владыка Генадий овыхъ велѣлъ жещи на Духовскомъ полѣ, а иныхъ торговой казни велѣлъ предати, а овыхъ в заточение посла, а инии збѣгоша в Литву, а овии в Нѣмцы» [54, 311].
Под влиянием этих событий и в ожидании «конца света» в 7000 г. от сотворения мира, что соответствовало 1492 г. от Р.Х., в Москве появилось свое еретическое течение, к которому, по некоторым сведениям, принадлежали члены великокняжеской семьи – Иван Иванович, скончавшийся в 1490 г., и его жена, Елена Волошанка, а по словам архимандрита монастыря в Волоколамске Иосифа Санина, последователя архиепископа Геннадия, к еретикам принадлежал даже митрополит Зосима. Да и сам великий князь Иван Васильевич не прочь был провести реформы в церковном хозяйстве.
В те времена в московской православной церкви шла борьба между нестяжателями заволжского старца Нила Сорского, приверженцами аскетического образа монастырской жизни, противниками обогащения монастырей, владения их землями и иосифлянами, по имени возглавившего это течение архимандрита Иосифа Волоцкого. Нил Сорский ратовал также за запрет умерщвления еретиков, утверждая, что Бог от грешников требует только раскаяния, поэтому тех, кто упорствует, надо высылать за границу или изолировать в монастырях. В ответ нестяжателям Иосиф Волоцкий настаивал на смертной казни еретиков вплоть до сожжения на костре. В послании к своему единомышленнику, епископу суздальскому Нифонту, он обвиняет митрополита Зосиму, называя того «злобесный волк» и «первый отступник в светителях в нашей земли»: «Иже сына божия попра и пречистыю богородицю похули. и икону господа нашего Иисуса Христа и пречистыа его матере… болваны нарицая… и всех святых писаниа отмеще: „Нет, деи, втораго пришествиа Христова, нет деи, царства небеснаго святым! Умер, деи, ин, что умер, – по та места и был“» [64, 115].