В сентябре 1926 г. основные силы НРА выступили в провинцию Цзянси против милитариста Сунь Чуаньфана, отколовшегося от У Пэйфу и контролировавшего пять провинций Восточного Китая. В ноябре войска НРА под командованием Чан Кайши заняли город Наньчан — центр провинции Цзянси, а к концу года — провинцию Фуцзянь.
Успехи Северного похода НРА возродили активность 1-й Национальной армии. В сентябре 1926 г. ее командующий Фэн Юйсян вернулся из СССР в Китай и заявил о присоединении своих частей к НРА. В кратчайшие сроки, при активном помощи СССР, армия восстановила свою боеспособность и выступила на соединение с НРА.
Под впечатлением побед НРА многие милитаристы, опасаясь разгрома, переходили на её сторону ради сохранения своих сил. Численность НРА возросла, но её революционно-политические качества снизились. Усилились разногласия и в командовании НРА, и в Гоминьдановском руководстве. Особенно остро встал вопрос о новом местонахождении Национального правительства (Гуанчжоу, откуда начался Северный поход, к этому времени стал уже глубоким тылом). Чан Кайши настаивал на переводе резиденции правительства и ЦИК Гоминьдана в Наньчан, где находилась его ставка. Левые гоминьдановцы, особенно коммунисты, настаивали на переводе правительства в Ухань, где нес охрану полк коммуниста Е Тина и ширилось рабочее движение. Занявшая левые позиции конференция ЦИК Гоминьдана 15 октября 1926 г. приняла решение вызвать из-за границы Ван Цзинвэя, чтобы он вновь занял свой пост председателя Национального правительства. Это решение было направлено на ослабление влияния Чан Кайши.
1 января 1927 г. Ухань был признан столицей Китая и резиденцией Национального правительства. Чан Кайши остался в Нанчане. 10 марта 1927 г. III пленум ЦИК Гоминьдана в Ханькоу лишил Чан Кайши его многочисленных ответственных постов в ЦИК Гоминьдана, но оставил пост главнокомандующего НРА. В уханьское правительство, которым руководил Ван Цзинвэй из-за границы, были введены два коммуниста: Тань Пиншань стал министром сельского хозяйства, Су Чжаочжэн — министром труда.
22 марта 1927 г. войска НРА под командованием Бай Чунси освободили Шанхай, а на следующий день Нанкин. Во время боев в городе произошли инциденты, в результате которых пострадало несколько иностранцев. 24 марта военные корабли Англии и США подвергли массированной бомбардировке занятый НРА Нанкин. В результате этой акции было убито и ранено около 2000 жителей и причинен большой материальный ущерб. 11 апреля 1927 г. Анпгая, США, Япония, Франция и Италия направили в ставку Чан Кайши и уханьскому правительству совместный ультиматум, требуя наказать виновных в инцидентах, происшедших при занятии Нанкина, принести извинения, уплатить весьма высокую компенсацию и запретить антииностранные действия на подвластных им территориях. Создалась угроза военной интервенции держав.