Демарш держав был воспринят Чан Кайши как сигнал к обузданию коммунистов. 12 апреля 1927 г. по приказу Чан Кайши в Шанхае и других городах страны были проведены антикоммунистические акции. 18 апреля 1927 г. Чан Кайши создал в Нанкине возглавленное им правительство, власть которого распространялась на четыре провинции: Цзянсу, Чжэцзян, Фуцзянь, Аньхой.
В Ухане продолжалось сотрудничество левого крыла Гоминьдана с коммунистами. В первых числах апреля 1927 г. Национальное правительство вновь возглавил Ван Цзин-вэй. Территория Уханьского центра включала провинции Хунань, Хубэй, Цзянси. Со всех сторон этому району угрожали враждебные силы: с севера — войска фэнтяньской группировки, с юга — армия гоминьдановского генерала Ли Цзишэня, с востока — войска Чан Кайши, с запада — армия сычуаньского милитариста Ян Сэня. Экономическое положение района, блокированного врагами, ухудшалось с каждым днем.
Трудности уханьского правительства усугубились в связи с мятежами военных командиров НРА, раздраженных действиями коммунистов, активизировавших выступления отрядов крестьянских союзов и рабочих пикетов. 17 мая 1927 г. командир дивизии НРА Ся Доуинь поднял мятеж, требуя обуздать крестьянские союзы. 21 мая 1927 г. командир полка НРА Сюй Кэсян в главном городе провинции Хунань Чанша разоружил рабочие пикеты и изгнал коммунистов. То же самое совершил в Наньчане командир корпуса НРА Чжу Пэйдэ.
15 июля 1927 г. ЦИК Гоминьдана в Ухане принял решение о разрыве с КПК, однако это не привело к объединению уханьской группировки Гоминьдана с нанкинской группой, позиции которой в это время усиливались. 20 июня 1927 г. к нанкинскому Гоминьдану примкнула группировка «си-шаньцев», имевшая влияние в Шанхае. Летом 1927 г. власть нанкинского правительства признали милитаристы, правившие в провинциях Гуанси, Гуандун, Сычуань. Но Ухань оставался самостоятельным. Ван Цзинвэй даже претендовал на партийное главенство в Гоминьдане.
В начале мая 1927 г. войска Чан Кайши возобновили Северный поход. Чтобы воспрепятствовать их продвижению и разгрому милитариста прояпонской ориентации Чжан Цзунчана, отступившего в Шаньдун, Япония высадила в шаньдунском порту Циндао свои войска. Это затруднило осуществление Северного похода. 12 августа Чан Кайши подал в отставку и уехал в Японию. В ноябре он вернулся и в декабре 1927 г. был назначен главнокомандующим НРА.
В феврале 1928 г. IV пленум ЦИК Гоминьдана учредил в Нанкине возглавленное Чан Кайши Национальное правительство Китая. Официальной столицей Китая стал Нанкин.