После злосчастного рейса Каллас переехала в парижскую квартиру, чтобы быть возле Онассиса. Он развелся с женой, согласившись жениться на Каллас, и поклялся ей устроить настоящую семью. Она была в экстазе впервые в жизни, и в любви была подобна подростку в свои тридцать шесть лет. Она фактически прекратила петь и посвятила жизнь истинной любви. Однако итальянский католический брак с Батистой мешал ее бракоразводным планам, и она смогла получить развод только через много лет. Батиста использовал свое влияние на церковные круги, чтобы задержать развод, пока Онассис не встретился с Жаклин Кеннеди и не женился на ней (Менеджини, 1982; Станикова, 1987).
Каллас пожертвовала карьерой и браком для Онассиса, не получив взамен ничего, кроме многолетнего дешевого романа до и после его брака с Джекки. Она забеременела от него в 1966 году, когда ей было сорок три. Ответ Онассиса был: "Аборт". Это был приказ (Станикова, 1987). Сначала она не думала, что это серьезно, пока он не сказал ей: "Я не хочу ребенка от тебя. Что я буду делать еще с одним ребенком? У меня уже есть двое." Каллас была сломлена. "Мне потребовалось четыре месяца, чтобы прийти в себя. Подумайте, как бы наполнилась моя жизнь, если бы я устояла и сохранила ребенка." Друг и биограф Каллас Надя Станикова спросила ее, почему она поступила так? "Я боялась потерять Аристо". Ирония в том, что когда посыльный Онассиса прибыл с сообщением о его свадьбе с Жаклин Кеннеди, Мария сказала ему пророчески: "Обратите внимание на мои слова. Боги будут справедливы. Есть на свете правосудие." Она была права. Единственный сын Онассиса трагически погиб в автокатастрофе вскоре после аборта Каллас, а его дочь Кристина умерла вскоре после смерти Онассиса в 1975 году.
Мария сообщила журналу "Woman's Wear Daily" по поводу свадьбы Онассиса и Джекки: "Сначала я потеряла вес, потом я потеряла голос, а теперь я потеряла Онассиса". Каллас даже предприняла попытку самоубийства в парижской гостинице. Онассис непрерывно осаждал ее после своего сенсационного брака с Джекки. Он имел наглость заявить ей, что разведется с Джекки, чтобы жениться на ней, и она была достаточно несчастна, чтобы поверить ему. Когда Онассис умер в марте 1975 года, она сказала: "Ничего больше не имеет значения, потому что ничего никогда не будет так, как было... Без него." Эта талантливая женщина пожертвовала и карьерой, и браком - совсем как Медея - ради своего греческого любовника. Подобно Медее, Каллас потеряла все. Ее собственные личные потребности в семье и друге никогда не были удовлетворены. Она закончила свои дни в парижской квартире с двумя пуделями - вместо детей.