Незадолго до своей смерти Годунов назначил командующим армией воеводу Петра Басманова, который отличился в первой кампании против самозванца. Молодой воевода должен был выступить в роли спасителя династии. Однако, как показали дальнейшие события, Басманов не оправдал возлагаемых на него надежд.
Тем временем Лжедмитрий медленно приближался к Москве, высылая жителям столицы письма. Москва готовилась к встрече «истинного» царя. Федор Годунов, его мать и верные им бояре, «полумертвые от страха, затворились в Кремле», у стен которого выставили усиленную охрану. Предпринимаемые военные меры были направлены прежде всего на то, чтобы обуздать народ. Очевидцы событий тех далеких лет утверждали: «В Москве более страшились жителей, нежели неприятеля или сторонников Дмитрия».
1 июня в Красное Село прибыли посланники Лжедмитрия – Гаврила Пушкин и Наум Плещеев. С их появлением в селе вспыхнуло давно уже назревавшее восстание. Вооруженные красносельцы двинулись в столицу, где к ним присоединились москвичи. Разъяренная толпа, уничтожив стражу, через Китай-город проникла на Красную площадь. Стрельцы, высланные Годуновыми, были перебиты. Гаврила Пушкин с Лобного места прочитал «прелестные грамоты» самозванца, в которых он обещал многие милости всем москвичам – от бояр до черного люда.
Годуновы могли укрыться за надежными стенами Кремля, к чему нередко прибегал Борис, и это спасало ему жизнь. Но среди приближенных царского семейства нашлись изменники, которые в нужный момент открыли крепостные ворота. Выйдя к народу, бояре агитировали его против Федора Борисовича. Богдан Бельский, когда-то опекавший царевича Дмитрия, публично поклялся в том, что лично спас царевича от руки убийцы. Эти слова окончательно рассеяли сомнения толпы, которая ворвалась в Кремль и начала громить дворы состоятельных людей и торговцев, сумевших неплохо нажиться на голоде.
Богдан Бельский водворился в Кремле, чтобы править от имени самозванца. Но Отрепьев опасался этого человека. Поскольку свергнутая царица была сестрой Бельского, Отрепьев не мог поручить ему казнь семейства Бориса Годунова. Поэтому место Бельского вскоре занял присланный Отрепьевым боярин Василий Голицын.
Лжедмитрий не решался въехать в Москву, пока не были устранены все препятствия. Он приказал арестовать патриарха Иова якобы за преданность Годуновым и с позором сослать его в удаленный от столицы монастырь. На самом же деле самозванец опасался, что патриарх, прекрасно знавший его в прошлом, разоблачит его обман.
После низложения патриарха Голицын в сопровождении стрельцов явился на подворье Годуновых и велел задушить Федора Борисовича и его мать. Вместе с трупом Бориса, который был извлечен из Архангельского собора, их похоронили на заброшенном кладбище.