Дальновидные польские политики решительно выступали против войны с Россией. В результате Сигизмунд отказался от своих обещаний и вместо сильной королевской армии предоставил Отрепьеву около двух тысяч разного рода наемников. Армия была слишком малочисленной, чтобы выступать с ней против России, и план самозванца был бы заведомо обречен на провал, если бы его не поддержало донское казачество.
Царские воеводы, выступившие навстречу самозванцу с огромными силами, действовали явно нерешительно. Несмотря на это, им удалось одержать победу в сражении под стенами Новгород-Северского. В результате большинство наемников обратились в бегство, оставив лагерь самозванца. Вместе с ними восвояси отправился и Юрий Мнишек, сопровождавший Отрепьева.
Хотя вторжение на Русскую землю закончилось провалом, вооруженная помощь поляков позволила Лжедмитрию продержаться на территории Русского государства первые, самые трудные месяцы, до тех пор, пока народное восстание не охватило всю южную оконечность России. Голод еще более усугублял сложившуюся обстановку.
Борис, узнав о появлении в Польше самозванца, открыто заявил боярам, что это их рук дело, так как они задумали свергнуть его. Однако впоследствии царь без особых опасений за свою голову направил против войск самозванца тех же бояр. На первый взгляд подобное поведение Бориса кажется непонятным, но на то имелись свои причины. Годунову было известно, что дворяне не очень-то доверительно относились к самозваному казацкому царьку. На сторону Отрепьева перешло всего лишь несколько воевод. Как правило, крепости самозванцу сдавали посадские люди или казаки, а воевод к нему приводили связанными.
Растеряв всех своих наемников, Григорий решил довольствоваться ролью народного вождя, которая ранее его не устраивала. Он спешно сформировал новую армию из посадских людей, восставших казаков, стрельцов и крестьян. Войско Лжедмитрия пополнялось с каждым днем, но 21 января 1605 года оно снова было разбито царскими воеводами, которые, однако, не стремились к скорой расправе над самозванцем. Ведь им приходилось действовать среди враждебно настроенного населения, восставшего против крепостничества.
Несмотря на то что Лжедмитрий потерпел поражение, многие южные крепости признали его как отпрыска царского рода. Опасаясь за свою безопасность, дворяне самовольно разъезжались по домам. В течение полугода царские войска не могли взять город Кромы, в котором обосновались донские казаки во главе с атаманом Корелой.
В страхе перед самозванцем Годунов несколько раз засылал в его лагерь тайных убийц. Он приказал привезти в Москву из монастыря мать Дмитрия, чтобы узнать у нее правду. 13 апреля Борис скоропостижно скончался в Кремлевском дворце. Ходили слухи, что он отравился. Официально было объявлено, что царь умер от апоплексического удара.