Эмма ужасно страдала от предательства Родольфа, но ей пришлось мучиться в молчании. Эмма нашла утешение в религии и мечтах о том, чтобы стать святой. Она занялась благотворительностью. Как-то раз, когда Шарль в надежде поднять жене настроение повез ее в руанский театр на оперу «Лючия ди Ламермур», чета Бовари встретилась с Леоном, который к тому времени завершил образование и служил в большой нотариальной конторе.
Жизнь Эммы вновь обрела цель. Леон искренне ее любил. Эмма отдалась влечению к нему так же отчаянно, как безоглядно вступила в любовную связь с Родольфом. Она сказала Шарлю, что каждую неделю берет уроки игры на фортепьяно, а сама в это время встречалась с Леоном в номере гостиницы, который они называли своим вечным пристанищем. Он обожал Эмму — ведь она «была “женщина из хорошего общества”, к тому же замужняя! Короче говоря, настоящая любовница!».
Иногда Эмма тревожилась, опасаясь, что Леон ее бросит ради женитьбы на другой женщине. Хоть она была счастлива, ей не давала покоя мечта о переезде в Париж. Эмма никогда не была вполне довольна тем, что имела, и потому покупала все больше вещей у знакомого торговца и все больше времени проводила с Леоном, который отрывался от работы в конторе, хотя у его нанимателя это вызывало недовольство. Леоном же руководило желание угодить Эмме, которую он еще слишком сильно любил. На самом деле «скорее он был ее любовницей, чем она его. Она произносила такие ласковые слова и так умела целовать, что у него кружилась голова и захватывало дух. Ее порочность и развращенность были столь сильны и так искусно скрыты, что сразу определить эти ее качества было очень непросто: где она могла всему этому научиться?»
Но Эмме, как и Родольфу, было трудно долго оставаться влюбленной. Панически боясь того, что любовь может пройти, она продолжала отношения с еще большей страстью. Сорвав с себя одежду и дрожа всем телом от возбуждения, она голой прижималась к телу Леона, и ее сексуальный аппетит становился ненасытным. Накал страсти, целеустремленность и настойчивость, как и собственнический инстинкт Эммы, тревожили и пугали Леона. Его работодатель настраивал его против нее. Как бы то ни было, их любовь начала затухать. Даже для Эммы прелюбодеяние постепенно стало таким же банальным делом, как исполнение супружеского долга.
Тем временем торговец требовал от нее возврата непомерного долга. Взбешенная и разъяренная Эмма всюду пыталась занять достаточно денег, чтобы отсрочить возврат всей суммы. Она обратилась за помощью к Леону, но тот даже ради ее спасения отказался красть деньги из конторы. Когда богатый нотариус предложил ей деньги в обмен на сексуальные услуги, она в гневе отклонила его предложение. «Меня можно погубить, но меня нельзя купить!» — воскликнула Эмма.