А завершительным этапом этого периода стало возвращение евреев из вавилонского плена в 538 г. до н. э. Тогда персидский царь Кир издал указ, позволивший евреям вернуться в Иудею и восстановить Храм. Также были возвращены храмовые ценности, которые когда-то увезли вавилоняне. Для этой цели были даже выделены значительные средства из царской казны. Тогда многие евреи вернулись на родину, но многие остались жить в Персии.
С падением Иудейского царства и разрушением Храма в среде живших в Вавилоне евреев-изгнанников иудаизм приобрел новые формы. Во время изгнания евреи селились не только в Вавилонии, но и в Египте, Сирии и других странах. Но при этом в их среде практически не было поклонения чужим богам, наоборот, евреи объединились вокруг своего бога и обособились от остальных народов. После разрушения Храма иудеи совершали только те обряды, которые не были связаны с храмовым богослужением. Соблюдение субботы и обрезание являлись важнейшими знаками союза-договора с Богом.
В этот период стали популярными синагоги (от греч. συναγωγή, «собрание»; бейт кнессет — «дом собрания») – молельные дома, которыми, в отличие от храма, могли стать любые постройки. В таких синагогах собирались иудеи, там пересказывали предания, толковали Писание, читали псалмы и другие произведения религиозной поэзии, исповедовались и возносили молитвы, сообща или индивидуально.
Новшеством в еврейской жизни стало и молитвенное богослужение. Отпадала нужда в зданиях, предметах культа, сословии жрецов; требовалось лишь желание группы или отдельного человека. В собраниях не делили людей по их социальной принадлежности, и в этом смысле демократизм позднее стал характерной чертой синагоги.
Когда изгнанники возвратились в Иерусалим, молитвенное богослужение, получившее развитие в синагогах, стало частью храмовой службы. Синагога заменила Храм. Для евреев, живших в диаспоре, она служила молитвенным домом, религиозной школой и местом собраний.
В эту же эпоху (Второго Храма) появилась группа книжников (соферим) – это были ученые, которые занимались изготовлением списков Моисеева закона, его изучением и толкованием, также они распространяли это знание среди людей. «Книжникам» приписывают окончательное оформление трехчастного канона еврейской Библии (ТаНаха).
Во время вавилонского плена и после него стало очевидным универсальное значение идей иудаизма, и он трансформировался из общности, основанной на кровном родстве, в общину, основанную на вере, членом которой мог стать представитель любого народа. Одновременно с этим сложились такие особенности иудаизма, которые считаются характерными для этой религии и по сей день: строгий монотеизм, централизация культа, канонизация священных библейских книг. При этом национальные идеалы сохранялись, что уживалось с представлением о единстве человечества. Эту концепцию иллюстрируют семьдесят жертвоприношений на праздник Кущей (Суккот), символизирующие участие семидесяти народов мира в служении одному Богу.