Наполеон по-прежнему любил ее и ценил. Ее такт, умение слушать, мягкость и знание его характера помогли сгладить не один конфликт. «Если я на троне сохранил еще некоторые остатки любезности, если вы, французы, не имели государем строжайшего, надменнейшего, угрюмейшего из монархов, то благодарите за это Жозефину. Ее нежность, ее ласки часто смягчали мой характер и подавляли мое бешенство», – признавался Наполеон. Будучи в Париже, он проводил много времени в ее спальне, а в отъезде ежедневно писал ей письма, полные любви и страсти. Что, правда, не мешало ему постоянно заводить любовниц, три из которых – Элеонора Денюэль, Ева Краус и Мария Валевская – родили ему сыновей. Вопрос о разводе Наполеон впервые поднял в 1807 году, но тянул с решением еще два года, боясь причинить Жозефине лишние страдания. «Она этого не перенесет», – считал он. Но после Аустерлица и Тильзитского мира Наполеон почувствовал, что срок пришел. 30 ноября 1809 года он сообщил Жозефине о своем решении – она разрыдалась, из комнаты ее вынесли в обмороке… Увы, «у политики нет сердца, а есть только голова», – заметил ей Наполеон. Наконец, 15 декабря 1809 года в присутствии всех высших сановников империи, маршалов армии и всей императорской семьи был зачитан протокол о разводе. Жозефина не смогла дочитать его до конца – рыдания душили ее, она с трудом дотянула до конца церемонии. Формальным поводом для развода было отсутствие священника на церемонии их бракосочетания, однако все знали, что истинной причиной была неспособность Жозефины родить Наполеону сына.

Наполеон сообщает Жозефине о разводе. Гравюра П. Боссельмана, К.А. Шассель
Наполеон писал: «Я требую, чтобы она пожизненно сохранила титул и звание коронованной императрицы, а главное, чтобы она, самый дорогой мой человек, никогда не сомневалась в моем к ней чувстве». Он оставил бывшей жене все титулы и привилегии императрицы, три дворца – Елисейский дворец как городскую резиденцию, Мальмезон как летнюю и Наваррский замок для охоты – и ежегодное содержание в три миллиона франков. Она поселилась в любимом ею Мальмезоне.
Удивительно, но на следующий же день после развода Наполеон написал бывшей жене любовное послание, и писал их еще довольно долго. До самого конца он боялся оставаться с Жозефиной наедине, словно боясь, что не сможет совладать со своими чувствами… Недаром современники вспоминали: «Император не видел в своей супруге никаких недостатков. Она для него не старилась и не менялась и, если бы Жозефина смогла подарить супругу наследника его славы и власти, он никогда не смог бы ее оставить. В своих мечтах он так с ней и не расстался».