Понятно, что на таких машинах перехватить злополучный призрак было невозможно. Впрочем, на вооружении 6-го иак ПВО, защищавшего Москву в 1943 г., имелась целая коллекция истребителей: Як-1, Як-3, Як-9, Ла-5, «Спитфайр», «Аэрокобра» и др. Но ни один из них не был способен перехватить Ju-86R. 12 июня Госкомитет обороны в очередной раз поручил генеральному конструктору A.C. Яковлеву до 1 августа усовершенствовать Як-9ПД, дабы увеличить его потолок до 13 000 м.
Факт безнаказанных полетов вражеских разведчиков взволновал самое высшее руководство страны еще в 1942 г. 12 ноября 1942 г. Государственный Комитет Обороны принял специальное постановление, по которому конструкторские бюро А. Микояна, С. Лавочкина и А. Яковлева должны были в течение двух месяцев создать специально для ПВО Москвы высотные истребители на базе серийно выпускавшихся машин. Для подобных самолетов требовались специальные моторы М-105ПД с двухступенчатыми нагнетателями Э-100, производство которых развернуть в срок не успели. В итоге первые экспериментальные «высотники» были изготовлены на Саратовском авиазаводе № 292 лишь 20 апреля 1943 г. Истребитель получил обозначение Як-9ПД. Фактически он был создан специально для борьбы с высотным разведчиком Ju-86P/R. Чтобы максимально облегчить перехватчик, на него установили только одну пушку ШВАК с боезапасом 120 снарядов.
Первые пять машин отправили на испытания в 12-й гвардейский иап ПВО майора К.В. Маренкова. Летчики выполнили 69 полетов, из них 39 – на высотах от 10 ООО до 11 500 м. При этом выяснилось, что непрерывный набор высоты на Як-9ПД невозможен. На семи километрах температура воды в моторе достигала 120 °C, и она начинала кипеть, масло нагревалось до 100 °C. Посему требовалось приостанавливать подъем и на время переводить истребитель в горизонтальный полет, ожидая, пока перегрев не прекратится. В итоге подъем на 11 650 м занимал минимум 25 минут. Для успешного перехвата Ju-86P/R этого было слишком много. К тому же высоты в 12 000 м достичь так и не удалось. В результате войсковые испытания Як-9ПД с двигателем М-105ПД были признаны неудачными из-за «недоведенности винтомоторной группы». Таким образом, постановление ГКО выполнено не было и создать надежный высотный перехватчик не удалось. А между тем уже вскоре появилась возможность испытать новый истребитель и в боевых условиях.
Для модернизации был выбран Як-9ПД № 01–29, и к концу июля работы были завершены. На перехватчике был увеличен размах крыла, полностью переделаны системы подачи масла и бензина, заменены масло– и водорадиаторы. На нем установили дополнительный маслобак с пеногасителем, смонтировали систему обдува воздухом свечей зажигания, бензопомпы, бензофильтры и провели другие мероприятия. В целях снижения веса был сокращен боекомплект и сняты некоторые «лишние» детали. Однако сконструировать герметичную кабину так и не удалось.