Авиационное командование всех стран мечтало о неуязвимом самолете-разведчике, который позволял бы беспрепятственно получать информацию о потенциальном и реальном противнике. Обезопасить его от вражеских истребителей можно было, лишь обеспечив превосходство разведчика в скорости и высоте или по крайней мере хотя бы в одном из этих показателей. Потери, понесенные эскадрильями дальней разведки люфтваффе в ходе полетов над Англией и Францией в период с сентября 1939 г. по май 1940 г., лишний раз подтвердили необходимость создания такого самолета.
Практическое воплощение этой мечты упиралось в целый ряд технических проблем. Скоростной разведчик требовал мощных двигателей. Недостаток же мощности приходилось компенсировать уменьшением размеров самолета, что, в свою очередь, затрудняло установку довольно громоздких фотокамер. Для высотного разведчика скорость была не главным показателем, но при его проектировании возникали свои специфические вопросы, прежде всего связанные с тем, что воздух на больших высотах разреженный. Обычные двигатели в нем «задыхались», да и члены экипажа тоже.
Конструкторы фирмы «Юнкере» решили создать разведчик, способный летать выше всех имевшихся на тот момент самолетов, практически в стратосфере. При этом они не стали проектировать его, как говорится, с нуля, а взяли за основу средний двухмоторный бомбардировщик Ju-86D. Серийный выпуск этой машины начался в конце 1935 г., весной 1937 г. она стала поступать на вооружение люфтваффе, но уже через два года ее заменили Не-111 и Do-17.
В сентябре 1939 г. фирма «Юнкере» представила в рейхсминистерство авиации проект высотного самолета Ju-86H. Он предусматривал переделку имевшихся Ju-86D путем установки новых двигателей с турбокомпрессорами и полностью герметизированной кабины для экипажа. Командование люфтваффе практически сразу же одобрило проект, поскольку в случае удачного исхода он давал возможность заполучить «малой кровью» крайне необходимый высотный разведчик.
Фирма «Юнкере» получила заказ на переоборудование трех самолетов, которые получили обозначение Ju-86P. С них сняли все огневые пулеметные точки и установили шестицилиндровые дизельные двигатели Jumo 207А-1 с взлетной мощностью 950 л. с. Каждый из них имел два центробежных турбокомпрессора, один работал от выхлопных газов двигателя, а другой – от механического привода. Носовую секцию фюзеляжа заменили новой с двухместной гермокабиной. Она имела остекление из двойных плексигласовых панелей, между которыми находился осушенный воздух. Путем наддува воздуха из левого двигателя в кабине поддерживалось давление, равное давлению на высоте 3000 м. Одновременно этим же обеспечивался и обогрев кабины.