И в первый же день они понесли первые боевые потери на Восточном фронте. В полосе группы армий «Центр» был сбит в районе Гродно Bf-110E-3 «8H+DK» унтер-офицера Мартина[2] из 2-й эскадрильи Aufkl.Gr.33, находившейся в подчинении командования сухопутных войск. Экипаж погиб. Еще один «Мессершмитт», только Bf-11 °C-5 «6M+LL» из 3.(F)/11, не вернулся из боевого вылета в район Лемберга (Львов) на южном участке фронта. Его экипаж тоже пополнил списки погибших. Что стало причиной потери этих двух самолетов, так и осталось неизвестным.
24 июня первую боевую потерю на новом участке фронта понесла 3-я эскадрилья дальней разведки Aufkl.Gr.31, действовавшая в полосе группы армий «Юг» в интересах ОКХ. Пропал без вести Bf-110E-3 обер-лейтенанта Целлера[3].
25 июня группа Aufkl.Gr.ll лишилась сразу двух машин. Ju-88 «6M+FM» обер-лейтенанта Хоффманна из 4-й эскадрильи не вернулся из боевого вылета в район Смоленска, a Do-17 «6М+КК» из 2-й эскадрильи был сбит в районе Минск – Вильно. Его экипаж покинул самолет на парашютах, а затем вышел в расположение наступавших немецких войск.
4-я эскадрилья Aufkl.Gr.14 потеряла один «Юнкере» и еще одна машина из 4.(F)/Aufkl.Gr.l21 была повреждена зенитным огнем, но все же сумела вернуться на аэродром Клеменцов, расположенный к западу от Луцка в 77 км от границы.
На следующий день 2-я эскадрилья дальней разведки Aufkl.Gr.ll лишилась еще двух «Дорнье», проводивших аэрофотосъемку тыла отступающих к Минску советских войск. Ju-88D «6H+GH» из Aufkl.Gr.33 был сбит в районе Гомеля, но его экипаж через некоторое время также смог отсидеться в лесах и затем воссоединиться с наступающими частями вермахта.
27 июня во время вынужденной посадки на аэродроме Двинск потерпел аварию Bf-110E-3 унтер-офицера Доманна из 4-й эскадрильи дальней разведки Aufkl.Gr.33. Экипаж при этом погиб.
29 июня еще один Ju-88D из 121-й группы, вылетевший для съемки в тыл советских войск, был поврежден зенитками, но смог вернуться обратно в Клеменцов. Двум другим экипажам повезло куда меньше. Из боевого вылета в район Риги не вернулся Ju-88D «4N+EL» лейтенанта Мейера из 3-й эскадрильи Aufkl.Gr.22. Другой «Юнкере» из 2-й эскадрильи группы Ровеля во время вылета получил сильные повреждения, а затем разбился во время вынужденной посадки на брюхо на аэродроме Инстербург в Восточной Пруссии. При этом весь его экипаж во главе с пилотом лейтенантом Альбрехтом погиб. Еще два разведчика в течение этого дня также получили повреждения в ходе вылетов, но тем не менее смогли вернуться на свои аэродромы.