мѣс-, мѣш- (мѣсить, мѣшать, мѣшокъ, смѣсь, …)
мѣст-, мѣщ- (вмѣсто, замѣститель, мѣщанинъ, смѣщеніе, … но: вымести)
мѣсяцъ
мѣт- (в значении «замечать», но не в значении «метать»): мѣтко, помѣтка, … но: опрометью
мѣхъ, мѣшокъ
мѣшкать
млѣть
мнѣніе
нѣга, нѣжный, нѣжиться, …
нѣдра
нѣм- (нѣмой, нѣмецъ, …)
нѣмой
(обѣдъ, обѣтъ — от других корней)
орѣх- (орѣшник, …)
печенѣгъ
пѣгій
пѣна
пѣнязь
пѣстовать
пѣть (пѣвецъ, пѣсня, пѣтухъ, …)
пѣш-, пѣх- (пѣшій, пѣхота, …)
плѣнъ
плѣсень
плѣшь
полѣно
прѣсный
прѣть
рѣд-, рѣз-, рѣж- (рѣдкій, рѣзать, …)
рѣдька
рѣпа (но: репейникъ)
рѣсница
рѣт- (изобрѣтать, обрѣсти, встрѣтить, …) но: запретъ
рѣч-, рѣк- (рѣка, рѣчь, нарѣчіе, … но не в глаголах: изречь, обречь, …)
рѣш- (прорѣха, рѣшать, рѣшето, рѣшётка, …)
свѣж- (освѣжать, …)
свѣт-, свѣч-
свирѣпый
сѣверъ
сѣвъ, сѣмя, сѣять, рассѣянный, … (но: семья, семенить)
сѣдой
сѣно, сѣни
сѣнь (осѣнять)
сѣра, сѣрый
сѣсть (сѣлъ, сѣдло, сосѣдъ, …)
сѣт- (сѣть, посѣщать, …)
сѣтовать
сѣч-, сѣк- (сѣчь, подсѣкать, …)
слѣд- (слѣдствіе, выслѣживать, наслѣдство, …)
слѣпой
смѣть
смѣх- (смѣяться, высмѣивать, …)
снѣг-
совѣт-
спѣ- (успѣхъ, поспѣшно, доспѣхъ)
стѣна (застѣнок, застѣнчивый, …)
стрѣл-
стрѣха
телѣга
тѣ- (затѣя)
тѣло (но: «стелить», «постель»)
тѣнь (оттѣнок, …)
тѣсный (стѣснять, …)
тѣсто
утѣха
хлѣб-, но: хлебать
хлѣвъ
хрѣнъ
хѣръ (старое назв. буквы Х)
цвѣт-, цвѣч- (цвѣла, цвѣтенье, …)
цѣвьё, цѣвка, цѣвница
цѣд- (цѣдить, цѣженный)
цѣл- (цѣлый, цѣловать, …)
цѣн- (цѣна, оцѣнка, …)
цѣп- (цѣпь, цѣплять, оцѣпенѣть, …)
«Ять» пишется в именах:
Алексѣй
Вѣна
Глѣбъ
Днѣпръ
Днѣстръ
Елисѣй
Еремѣй
Матвѣй
Нѣманъ
Рогнѣда
Сергѣй
Фадѣй
апрѣль
«Ять» пишется также в словах: нѣтъ, гдѣ, нынѣ, двѣ, двѣсти, двѣнадцать, всѣ, онѣ, однѣ, обѣ, здѣсь, зѣло и в некоторых других словах, например в церковном слове «голѣмый» (великий). Как исключение, ять пишется вместо звука «ё» в словах: звѣзды, гнѣзда, сѣдла, издѣвка, смѣтка, медвѣдка, вѣшка, вдѣжка, цвѣлъ, обрѣлъ, зѣвывалъ, надѣвывалъ, надѣванъ, запечатлѣнъ, подгнѣта.
Слова «реять» и «копейка» могут писаться как через «е», так и через «ять». Слово «хер» писалось через «ять» как название старославянской буквы, однако в производных словах обычно писалось «е».