Весной 1947 г. он возвратился в США и поступил в престижный Гарвардский университет, где специализировался по политическим наукам. Преподаватели отмечали высокий интеллектуальный уровень студента, понимание им философии и истории. В 1949 г. Генри женился на Энн Флейшер.
В 1950 г. Киссинджер получил степень бакалавра. Продолжив занятия в аспирантуре, он в 1952 г. стал магистром, а в 1954 г. написал докторскую диссертацию по мирному урегулированию в Европе после победы над Наполеоном, озаглавленную «Восстановленный мир. Кэстлри, Меттерних и проблема умиротворения, 1812–1822 гг.» В 31 год Генри Киссинджер стал доктором политологии.
Его приглашают на преподавательскую работу в Гарвардский университет. Киссинджер работает на факультете управления, его курс по международной политике пользуется большой популярностью среди студентов. В 1959 г. он был назначен доцентом, а в 1962-м – профессором. С 1959 по 1969 г. возглавлял Гарвардскую программу оборонных исследований.
В Гарварде Киссинджер приобрел значительный авторитет как специалист в вопросах внешней политики и стратегической обороны. Он был рекомендован на пост директора исследовательской программы при Совете международных отношений – ведущем центре разработки внешней политики для американской правящей элиты. В результате полуторагодового исследования Киссинджер представил монографию «Ядерное оружие и внешняя политика» (1957). Там он рассмотрел альтернативы стратегии широкомасштабного ядерного возмездия, сформулированной Джоном Даллесом, который был тогда государственным секретарем. Киссинджер разработал идею «гибкого реагирования», включавшую возможное применение тактического ядерного оружия. Это исследование принесло ему премию имени Вудро Вильсона – престижную награду в области политологии. Тогда же Нельсон Рокфеллер приглашает ученого на должность директора так называемого «Проекта специальных исследований» при фонде братьев Рокфеллер. Возглавив этот проект, Киссинджер получил возможность общаться с ведущими политиками, дипломатами, учеными, бизнесменами. Он принял активное участие в работе Комиссии по проблемам национальной безопасности.
В 1961 году Киссинджер издает еще одну книгу – «Необходимость выбора: перспективы американской внешней политики», в которой снова выступает за наращивание арсенала тактического ядерного оружия, за усиление обычных вооруженных сил для ограниченных войн. Он публикует многочисленные статьи по вопросам внешней и военной политики США в самых разнообразных изданиях – как американских, так и западноевропейских.